В тот же 1894 год, когда Сеченов, открывая 9-й съезд врачей и естествоиспытателей, излагал с его трибуны свои материалистические взгляды на вопросы научной психологии, случились события, навеки закрепившие его славу в глазах самодержавия как политически неблагонадежного.

В Московском университете, в котором за долгие годы скапливалось недовольство среди передовой части студенчества, в январе вспыхнули волнения. Это был год, когда в Москве организовался «Рабочий союз» вслед за «Петербургским союзом борьбы за освобождение рабочего класса», когда рабочие кружки по всей стране объединились в марксистские организации, когда усиливалось рабочее движение и когда все настороженней и свирепей следило правительство за нарастанием этого могучего движения.

Беспорядки в университете, которые, быть может, в другое время остались без жестоких последствий, теперь вызывают крайние меры: студентов-зачинщиков арестовывают и высылают из Москвы.

Профессора, возмущенные этими мерами, и на сей раз не намерены молчать: они составляют петицию, где требуют смягчения участи «бунтовщиков», и передают ее московскому генерал-губернатору. Петицию подписывают Тимирязев, Мензбир, Стороженко, Столетов и, конечно, Сеченов.

На участи студентов петиция не отразилась; единственным результатом этого акта было расширение и без того уже обширного списка неблагонадежных профессоров Московского университета.

В деле Сеченова, хранящемся в Центральном государственном архиве революции, есть документ: «В марте 1895 г. и. д. московского обер-полицмейстера доставил в д-т полиции список членов Московского комитета грамотности, известных своей политической неблагонадежностью; в числе таковых членов значится и Сеченов как подписавший первым поданную в декабре 1894 г. его императорскому высочеству московскому генерал-губернатору петицию о смягчении участи удаленных из Москвы студентов».

Эту подпись ему еще припомнят. Через десять лет будет, в память этой подписи, совершен возмутительный акт по отношению к величайшему русскому ученому.

Между тем студенты не сложили оружия. Через пять лет по университетским городам России снова прокатилась волна студенческого движения. За ней последовали новые, совершенно неслыханные меры: были изданы правительством «временные правила», угрожающие «бунтовщикам» отдачей в солдаты. А еще через два года мера эта впервые была применена в Киеве к ста восьмидесяти трем студентам. Московские студенты собрались на грандиозную сходку протеста, и более пятисот человек было арестовано и заключено в Бутырскую тюрьму. В том же месяце, в феврале, Ленин в «Искре» призывал рабочих поддержать студенческое движение: «…студент шел на помощь рабочему, — рабочий должен прийти на помощь студенту».

Не сразу и только с очень немногими людьми сошелся Сеченов в Москве, и жизнь его протекала однообразно в те часы, когда он выходил из стен физиологического института. Поэтому он несказанно обрадовался приезду из Одессы семьи Умова, который в 1893 году перебрался в Москву профессором университета по кафедре физики.

Он спешит поделиться своей радостью с Мечниковым: «…Обрадовался я им донельзя, потому что в Москве ни с кем не сблизился и жил по сие время совершенно одиноким (Мария Александровна живет в Москве не более 4 месяцев)».

Мария Александровна все более увлекалась клипенинским хозяйством, все меньше времени проводила в Москве, и снова Сеченов, как почти всю жизнь, жил на положении холостяка. Неудивительно, что приезд старых друзей так обрадовал его! Он снова обрел семейный уголок, в котором так нуждался; возобновились милые вечера за стаканом чаю и тихой беседой с Николаем Алексеевичем или музыкальные вечера с дочерью Умова — Олечкой. Сеченов слушал ее игру, пел с ней дуэтом, иногда пел и один.

Здесь познакомился он и с Митрофаном Ефимовичем Пятницким, будущим создателем «Ансамбля старинной песни», нынешнего хора имени Пятницкого.