В том же году его вовлекли в дискуссию, которую начал сын Герцена и ученик известного физиолога Шиффа — А. А. Герцен. Он выступил против сеченовского центрального торможения, доказывая невозможность существования такового. Школа Шиффа отрицала наличие специально тормозящих центров, отрицала торможение как особое состояние и утверждала, что угнетение рефлекторных движений не что иное, как результат истощения нервной системы под влиянием сильного раздражения.

Сеченов охотно полез в «драку», — он был достаточно уверен в себе да и в помощниках не было недостатка: ученики — студенты и молодые врачи — с радостью пришли на помощь своему кумиру в его борьбе за новое учение.

В конце концов противники были разбиты. Но для этого понадобилось немало времени и труда. Да и вообще выпущенный из бутылки дух оказался не так-то прост: вот уже скоро столетие, как множество ученых и русских и иностранных вносят свой вклад в учение о центральном торможении, и до сих пор еще далеко не все тут ясно. Все еще есть в этой проблеме «проклятый вопрос», ответить на который никому не удавалось. Это вопрос взаимоотношений возбуждения и торможения. В самом деле, на основе каких же конкретных физиологических механизмов в головном мозгу от возбуждения вдруг возникает тормозной процесс?

Незадолго до своей смерти Павлов сказал: «Это проклятый вопрос — отношение между раздражением и торможением… С нашей стороны ничего не остается, как собирать экспериментальный материал. У нас его много. Невзирая на это — решение не приходит!»

Учение о центральном торможении — гениальное открытие, сделанное Сеченовым. Широкий круг ученых узнал об этом открытии, заинтересовался им, посвятил ему свои труды.

Широкий круг ученых все-таки был достаточно узким кругом людей. «В седьмое небо» вознесла Сеченова другая работа, созданная им на основе открытия центрального торможения.

И напрасно он сетовал, что не умеет писать популярно! То, что вышло на этот раз из-под его пера, было доступно пониманию любого грамотного человека, и множество этих грамотных русских людей прочло его сочинение. И не только прочло — у многих оно стало настольной книгой, оно привело в восторг всех передовых мыслящих людей и повергло в уныние, вызвало возмущение всех мракобесов и идеалистов. Оно сделало имя Сеченова известным народу, и с этих пор началась его настоящая слава.

В этот необыкновенный год — год 1863-й — передовое русское общество было потрясено дважды: когда весной в «Современнике» вышел роман Чернышевского «Что делать?» и когда осенью в «Медицинском вестнике» была напечатана статья Сеченова «Рефлексы головного мозга» (первоначально названная «Попытка ввести физиологические основы в психические процессы»).

Любопытно, почему же Сеченов не понес эту статью в журнал «Современник»? Ведь по духу своему была она так близка идеям, защищавшимся этим журналом, она была продолжением и обоснованием «Антропологических принципов в философии», за три года до этого публиковавшихся в «Современнике».

Он и понес. Но правительство наложило свою лапу.

Совет министра внутренних дел по делам книгопечатания в своем решении от 3 октября 1863 года записал:

«…1) что рассуждение «Попытка ввести физиологические основы в психические процессы» направлено к отрицанию нравственных основ общества, к потрясению догмата о бессмертии души и вообще религиозных начал;

2) что хотя эти конечные выводы не выражены букзально в помянутой статье, но что они представляются неизбежным результатом того впечатления, которое должен испытать читатель по прочтении оной;

3) что помещение подобной статьи, противной § 1 высочайше утвержденных 12 мая 1862 г.