В бортах военных судов делали пушечные окна-порты со ставнями на петлях. Перед стрельбой ставни открывали, орудия подтаскивали вплотную к борту, чтобы стволы выходили за него во избежание возможного возгорания корабля при выстреле.

За грот-мачтой по установившейся традиции находилась констапельская каюта, в которой жили «второсортные офицеры»: артиллеристы, штурманы и офицеры солдатских команд. Рядом — корабельная канцелярия с писарями и кладовая абордажного оружия (мушкетоны, абордажные топоры-интрепели, пистолеты и пики). Перед бизань-мачтой в отдельной выгородке хранились ружья. Между грот- и бизань-мачтой был установлен шпиль для постановки и выборки якоря. Большой барабан шпиля размещался на нижней палубе, а второй на средней. Там же хранились и вымбовки, которыми выхаживали шпиль. Между фок- и грот-мачтами размещался еще один малый шпиль для верпования.

На парусных линейных кораблях, как правило, было но четыре становых якоря. Во время плавания их хранили по-походному над кран-балками попарно. Пятый якорь — запасной, хранился без штока в трюме за грот-мачтой. Кроме этого на таких кораблях имелось еще несколько более мелких вспомогательных якорей — верпов, которые предназначались для снятия корабля с мели, передвижения его в штиль и по рекам

Согласно общей традиции, корма считалась местом пребывания командного состава, а носовая часть — рядового. Кают-компания офицеров располагалась на верхней палубе (в опер-деке) в кормовой части корабля. Там в свободное от приема пищи время жили старший офицер (капитан-лейтенант) и лейтенанты. Мичманы жили в маленькой и тесной выгородке под шканцами. Если в кают-компании еще имелись кое-какие элементарные удобства, то мичманская выгородка была столь мала и темна, что традиционно носила название «пещеры». Рядом с ней в отдельной выгородке обитал и корабельный батюшка. Здесь же находилась и небольшая корабельная церковь. Каюта капитана и адмиральский салон размещались в самой корме под шканцами. Это были наиболее благоустроенные каюты — с кабинетом и спальней. Однако и там постоянно располагались орудия. В обычное время их старались драпировать и закрывать, создавая иллюзию уюта и даже известной роскоши. Но при приготовлении к бою в капитанской каюте и адмиральском салоне сразу же снимали временные переборки, и спустя 5—6 минут эти помещения превращались в обычную орудийную палубу. В большинстве случаев соблюдался принцип, что каюте флагмана более приличествует скромность кельи монаха, нежели показная роскошь будуара. Впрочем, порой бывали и исключения.

Вот как описывает И. Гончаров в книге «Фрегат "Паллада"» командирский салон: «Это был просторный, удобный, даже роскошный кабинет. Огромный платяной шкаф орехового дерева, большой письменный стол с полками, пианино, два мягких дивана и более полудюжины кресел составляли его мебель. Вот там-то, между шкафом и пианино, крепко привинченными к стене и полу, была одна полукруглая софа, представлявшая надежное убежище от кораблекрушения».

В носовой части парусного корабля под баком помещалась поварня (камбуз), рядом лазарет, где жили лекарь и подлекари. Шканцы — место пребывания капитана, вахтенных офицеров и рулевых во время плавания — располагались от грот-мачты до среза кормовых окон. Там же находились штурвал, нактоуз с компасом и хранились лаги и лоты.

Все палубы на парусных судах имели люки, предназначавшиеся для освещения нижних палуб и их проветривании. Верхняя палуба при этом ограждалась фальшбортом, вдоль которого стояли свернутые в тугие коконы матросские койки. Во время боя они служили дополнительной защитой от ядер, картечи, пуль и летящей во все стороны щепы. Перед боем за фальшбортом натягивали противоабордажные сети, мешавшие кораблям сойтись вплотную, а матросам неприятеля беспрепятственно перепрыгивать на палубу российского корабля.