И государственная, и личная жизнь Годунова вполне было наладилась. Но ненадолго. Начались стихийные народные бедствия. После затяжных ливней весной, длившихся два с половиной месяца и погубивших урожай, небывалый мороз в августе сгубил и новые посевы. Житницы истощились; поля, засеянные слежавшимся невсхожим зерном, не дали урожая. И начался страшный голод. Борис оказывал помощь, раздавал в день по пятьсот тысяч денег (в то время — копеек), хлеб десятками тысяч пудов, но был бессилен в борьбе со стихийным бедствием. По рассказам современников, люди питались травой, ели кошек, собак и всякую падаль. В одной Москве умерло за это время до пятисот тысяч человек, а в провинциях дело обстояло еще хуже: голодные крестьяне целыми селами замерзали в лютый зимний холод. Чтобы дать голодающим заработать, Борис стал строить огромную колокольню Ивана Великого и большие каменные палаты в Кремле. Средства государственные истощились, а чернь, развращенная милостыней, отказывалась от работы, требовала новых подачек и бушевала. Вспыхивали мятежи. Недавнее очарование царем сменилось ненавистью. Темное прошлое Бориса, казавшееся ему прочно похороненным и забытым, снова всплывало. Разрасталась и забытая им тревога. Под ее влиянием он стал подозрительным и мстительным. Начались доносы, а с ними и гонения на лиц, казавшихся опасными, и наступило время избавиться от Романовых, продолжавших пока жить в Москве.

Делу взялся помочь угодливый родственник царя — Семен Годунов. Подкупив слугу Романовых, он подговорил его подбросить в кладовую боярина Александра Никитича мешок с ядовитыми кореньями и донести потом, что боярин замышляет на жизнь царя. Поручение это было выполнено, бояр Романовых схватили, судили, и хотя на суде выяснилась лживость доноса и их невиновность, однако был вынесен в июне 1601 года суровый приговор: старшего брата, Федора Никитича (отца будущего основателя новой великой династии), постриженного под именем Филарета, сослали в Антониев-Сийский монастырь, а жену его, Ксению Иоанновну, урожденную Шестову, постриженную под именем Марфы, — в один из заонежских; шестилетний сын их, Михаил, был сослан вместе с семьею зятя Романовых, князя Бориса Черкасского, женатого на их сестре, на Белоозеро; Александр Никитич был выслан к Белому морю, Михаил Никитич — в Ныробскую волость Пермской области, Иван Никитич — в Пелым, место ссылки опальных угличан, и пятый брат, Василий Никитич, — в Яренск. Вместе с боярами Романовыми были высланы в разные далекие области их родственники: Шестовы, Карповы, князья Сицкие, Репнины.

Тяжело жилось сосланным боярам. В местах ссылки их разместили под неусыпным наблюдением приставов в уединенных избах и даже в землянках, вдали от сел и городов. Бояре томились, скованные по рукам и ногам, лишенные возможности перемолвиться словом с кем бы то ни было; случайному прохожему люду под страхом смерти запрещалось даже смотреть на место заключения бояр, считавшихся изменниками. Несколько лучше было положение инока Филарета, жившего в монастыре. Впоследствии в виде особой милости ему было разрешено выходить в церковь на клирос, богомольцы стали посещать монастырскую церковь, закрытую для них со времен ссылки Федора Никитича в монастырь. Наконец, чтобы окончательно удалить инока Филарета от мира, он был посвящен в иеромонахи, а затем — в архимандриты. Дети его, и в том числе сын Михаил вместе с семьею овдовевшей княгини Черкасской, были затем переведены в отчину Романовых, село Клин Юрьевского уезда. Особенно тяжело жилось Михаилу Никитичу в тесной, сырой яме-землянке, в пудовых веригах. Пищей ему служили вода и хлеб, которые хищный пристав скудно отпускал вместо назначенного белого хлеба, рыбы и мяса. Могучий богатырь, одаренный огромной силой и железным здоровьем, Михаил Никитич не выдержал тяжкой доли и вскоре скончался.