В скором времени после убийства цыплят Страффен был задержан полицией и признался на допросе, что месяцем ранее совершил хищение кошелька из женской сумки. Тогда его стали проверять на возможную причастность к нападениям на женщин и выяснили, что 27 июля 1947 г. Страффен схватил за горло 13-летнюю девочку в городе Бэзвик (Bathwicke). Сначала он зажимал своей жертве рот рукой и грозился убить её, а потом неожиданно оставил и пустился наутёк. Хотя пострадавшая дала неплохое описание нападавшего, отыскать его тогда не удалось. Теперь же Страффен был арестован и направлен на психиатрическое освидетельствование в тюрьму Хорфилд (Horfield).

Там довольно быстро выяснилось, что арестант неспособен понять простейшие команды и явно неадекватен, в результате чего 10 октября 1947 г. последовал перевод Страффена в специализированную колонию «Хорзем» (Horthem) в небольшом городке Элмодсбари севернее Бристоля. В «Хорземе», в отличие от обычных тюрем, решалась задача социальной реабилитации «спецконтингента», и заключённые получали специализированную психиатрическую помощь. Почти 2 года, вплоть до июля 1949 г. Джон содержался в «Хорземе» и за это время неплохо себя зарекомендовал – он был трусоват, безынициативен, малообщителен, в общем, это был идеальный заключённый, неспособный создать проблемы администрации лечебно-исправительного учреждения. В июле 1949 г. Страффена направили на сельхозработы в Винчестер – это была своего рода привилегия для заключённых, показывающих «положительную динамику адаптации». Там Джон оказался на положении бесконвойного, никто от него тогда не ждал никаких неприятностей.

Однако в феврале 1950 г. вечно голодный Страффен украл сумку с грецкими орехами. Кража, конечно, являлась совершенно пустяковой, но с «положительной динамикой» было покончено. Джона вернули в «Хорзем», откуда он, пользуясь невниманием персонала, в августе 1950 г. ушёл домой. Именно ушёл, строго говоря, это был даже не побег. Поступок сей изначально выглядел как малоосмысленный: ну, в самом деле, куда мог скрыться человек с разумом ребёнка да притом ещё и без денег? Не прошло и суток, как полицейские отыскали беглеца поедающим оладьи на кухне матери. Однако при попытке забрать из его рук тарелку флегматичный до того Страффен неожиданно набросился на патрульных. Случившееся следовало признать весьма тревожным симптомом, ведь никогда прежде Джон не решался на открытое сопротивление взрослым мужчинам. Начиная с этого времени наблюдавшие его врачи стали отмечать такие черты личности и поведения Джона, как своеволие, демонстративное неподчинение, агрессию по отношению к тем, кто заведомо слабее. При этом Страффен по-прежнему оставался трусоват и обычно уклонялся от конфликта с равным противником.

По достижении 21 года Страффен, согласно положениям «Закона о слабоумных», прошёл комплексное медицинское освидетельствование, в ходе которого ему сделали гальвано-энцефалограмму мозга. В результате были обнаружены объективные аномалии в работе мозга, связанные, по мнению врачей, с перенесённым в возрасте 6 лет энцефалитом. Таким образом, умственная отсталость Джона имела не врождённый характер, а приобретённый вследствие заболевания (здесь надо отметить, что для лёгких форм умственной отсталости, как у Страффена, этиологию удаётся установить весьма редко, не более чем в 15% случаев). В целом же по результатам обследования Джон был признан достаточно адаптированным для жизни под надзором родителей.