Учение Господа Чайтаньи не отличается и от учения Господа Капилы, который впервые поведал науку санкхья-йоги, или философское учение санкхьи. Эта авторитетная система йоги рекомендует медитировать на трансцендентный образ Господа. Ни о какой медитации на пустоту или нечто безличное она не говорит. Если человек способен всегда хранить в мыслях трансцендентный образ Господа Вишну, не прибегая к практике сидячих поз, его состояние называют совершенным самадхи. Это подтверждается в конце шестой главы «Бхагавад-гиты», где Господь Кришна говорит, что из всех йогов величайшим является тот, кто в глубине сердца постоянно с любовью и преданностью думает о Господе.

Учение санкхьи легло в основу философской концепции Господа Чайтаньи, именуемой ачинтья-бхедабхеда-таттвой, согласно которой Верховный Господь одновременно един со Своим творением и отличен от него. Господь Чайтанья учил, что людям легче всего практиковать медитацию санкхья-йоги, повторяя святое имя Господа. Святое имя — это звуковое воплощение Бога, и, поскольку Господь является абсолютным целым, между Его именем и Его трансцендентным образом нет разницы. Воспринимая звук святого имени Господа, человек непосредственно общается с Верховной Личностью Бога. Тот, кто повторяет святое имя, проходит три стадии развития: стадию оскорблений, стадию очищения и трансцендентную стадию. На стадии оскорблений человек по-прежнему стремится к различным видам материального счастья, а на второй стадии он очищается от скверны мирских желаний. Достигнув же трансцендентного уровня, человек обретает самое желанное — любовь к Богу. Господь Чайтанья учил, что это и есть высшее совершенство для человека.

Практика йоги прежде всего подразумевает обуздание чувств, главное из которых — ум. Поэтому нужно обуздать ум, заняв его деятельностью в сознании Кришны. Грубая деятельность ума проявляется через внешние чувства, а именно те, что помогают приобретать знания, и те, что действуют, исполняя те или иные наши желания. Тонкая деятельность ума заключается в размышлениях, эмоциях и желаниях; она может быть оскверненной или чистой в зависимости от сознания человека. Если ум сосредоточен на Кришне (Его имени, качествах, облике, играх, окружении и атрибутах), деятельность человека — как на тонком, так и на грубом уровне — приносит ему благо. Метод очищения сознания, рекомендованный в «Бхагавад-гите», заключается в том, чтобы сосредоточить ум на Кришне, обсуждая Его божественные деяния, посещая Его храм, убирая в храме, созерцая прекрасный образ Господа, слушая о Его божественной славе, вкушая предложенную Ему пищу, общаясь с Его преданными, вдыхая аромат листьев туласи и предложенных Господу цветов, делая что-нибудь для Господа и т. д. Никто не может остановить деятельность ума и чувств, однако ее можно очистить, если изменить сознание. О такой перемене Кришна говорит в «Бхагавад-гите», когда раскрывает Арджуне науку йоги, постигнув которую человек может действовать, не навлекая на себя кармических последствий. «О сын Притхи, действуя в соответствии с этим знанием, ты освободишься от рабства последствий своей деятельности» (Б.-г., 2.39). Иногда человеку приходится поневоле ограничивать себя в чувственных наслаждениях, например во время болезни, но подобные ограничения существуют лишь для неразумных. Не зная истинного метода обуздания ума и чувств, такие люди силой пытаются прекратить их деятельность, но позже уступают им и тонут в волнах чувственных наслаждений.