Задачи Особых отделов были определены в специальных инструкциях. Например, в «Инструкции для Особых отделов НКВД Северо-Западного фронта по борьбе с дезертирами, трусами и паникерами» говорилось:

«…§ 4. Особые отделы дивизии, корпуса, армии в борьбе с дезертирами, трусами и паникерами осуществляют следующие мероприятия: а) организуют службу заграждения путем выставления засад, постов и дозоров на войсковых дорогах, дорогах движения беженцев и других путях движения, с тем, чтобы исключить возможность какого бы то ни было просачивания военнослужащих, самовольно оставивших боевые позиции; б) тщательно проверяют каждого задержанного командира и красноармейца с целью выявления дезертиров, трусов и паникеров, бежавших с поля боя; в) всех установленных дезертиров немедленно арестовывают и ведут следствие для предания их суду военного трибунала. Следствие заканчивать в течение 12-часового срока; г) всех отставших от части военнослужащих организовывают повзводно (поротно) и под командой проверенных командиров в сопровождении представителя Особого отдела направляют в штаб соответствующей дивизии; д) в особо исключительных случаях, когда обстановка требует принятия решительных мер для немедленного восстановления порядка на фронте, начальнику особого отдела предоставляется право расстрела дезертиров на месте. О каждом таком случае начальник особого отдела доносит в Особый отдел армии и фронта; е) приводят в исполнение приговор военного трибунала на месте, а в необходимых случаях перед строем; ж) ведут количественный учет всех задержанных и направленных в части и персональный учет всех арестованных и осужденных; з) ежедневно доносят в Особый отдел армии и Особый отдел фронта о количестве задержанных, арестованных, осужденных, а также о количестве переданных в части командиров, красноармейцев и материальной части».

Несмотря на принятые меры, в организации заградительной службы по-прежнему имели место значительные недочеты. Начальник Генерального штаба Красной Армии генерал армии Г.К. Жуков в своей телеграмме № 00533 от 26 июля главнокомандующим войск направлений и командующим войсками фронтов отмечал:

«Через линию заградительных отрядов тыла просачивается в глубокий тыл очень большое количество командиров и красноармейцев. Проникая в глубокий тыл, они своим появлением и преувеличенными сообщениями дезорганизуют население и распространяют панику. Расследованием установлено:

Заградслужба в тылах армий и фронтов организована очень низко, и стоит она только на дорогах.

При задержании вместо немедленного направления во фронтовые части задержанных направляют глубже в тыл.

Ставка приказала немедленно лично разобраться, как организована заградслужба, и дать начальникам охраны тыла исчерпывающие указания. Всех задержанных вливать во фронтовые части и в тыл не направлять».

Для устранения выявленных недостатков начальник Управления особых отделов НКВД СССР, заместитель наркома внутренних дел комиссар госбезопасности 3 ранга В. С. Абакумов издал 28 июля директиву № 39212 об усилении работы заградительных отрядов по выявлению и разоблачению агентуры противника, перебрасываемой через линию фронта. В директиве, в частности, сказано:

«…Одним из серьезных средств выявления засылаемых к нам агентов германской разведки являются организованные заградительные отряды, которые должны тщательно проверять всех без исключения военнослужащих, неорганизованно пробирающихся с фронта в прифронтовую полосу, а также военнослужащих, группами или в одиночку попадающих в другие части. Однако имеющиеся материалы говорят о том, что работа заградительных отрядов еще недостаточно организована, проверка задержанных лиц проводится поверхностно, зачастую не оперативным составом, а военнослужащими.

В целях выявления и беспощадного уничтожения агентуры противника в частях Красной Армии предлагаю:

Усилить работу заградительных отрядов, для чего выделить в отряды опытных оперативных работников.