Реввоентрибуналы, рассматривая дела, старались тщательно разбираться в причинах преступления бойцов и командиров. К красноармейцам, дезертировавшим по малодушию, неразумению и желанию увидеться с родными, они проявляли снисхождение. 7 марта 1920 г. Реввоентрибунал Республики направил инструкцию революционным военным трибуналам, в которой предписывалось применять высшую меру наказания – расстрел – лишь при осуждении за шпионаж, измену и предательство, за невыполнение боевых приказов, восстание и вооруженное неповиновение войсковых частей, бандитизм, мародерство, дезертирство из боевой линии.

В 1920 г. всеми реввоентрибуналами были рассмотрены в судебных заседаниях дела на 106 966 человек, из которых 17 500 человек (16,4%) оправдано, к 24 334 (22,8%) – применено условное осуждение, 31 275 человек (28,3%) приговорены к лишению свободы, 15 380 (14,4%) направлены в штрафные роты и концлагеря, 368 (0,4%) объявлены вне закона, 5757 (5,4%) приговорены к расстрелу, а 12 352 человек (11,5%) получили другие меры наказания.

Штрафные подразделения и части в годы Гражданской войны создавались не только в войсках, участвовавших непосредственно в боевых действиях. Они широко использовались в качестве рабочей силы. Например, в телеграмме № 1747 Троцкого реввоенсовету Западного фронта от 1 июня 1919 г. говорилось:

«Для инженерного строительства должно широко использовать штрафные рабочие команды из числа пойманных дезертиров. Одной из важнейших задач Запфронта считаю хорошую постановку борьбы с дезертирством, организацию хороших трибуналов. Предложите военкомзап в подведомственных ему губерниях передавать осужденных дезертиров в виде рабочих команд в распоряжение фронта».

Позднее практика создания штрафных подразделений и частей была применена в трудовых армиях, которые стали формироваться в начале 1920 г. Первая трудовая армия была создана по инициативе реввоенсовета 3-й армии (командующий М.С. Матиясевич, член РВС П.И. Раевский) Восточного фронта. Эта идея получила одобрение со стороны председателя Совнаркома РСФСР В.И. Ленина. В свою очередь, Политбюро ЦК РКП (б), обсудив на своем заседании 17 и 18 января вопрос о введении трудовой повинности, поддержало решение Совета Обороны о формировании Кубано-Грозненской, Украинской, Казанской и Петроградской трудовых армий.

Один из горячих сторонников введения трудовой повинности, Троцкий, 22 января подготовил тезисы ЦК РКП(б) «О мобилизации индустриального пролетариата, трудовой повинности, милитаризации хозяйства и применении воинских частей для хозяйственных нужд». В тезисах отмечалось:

«…Д. Трудармии

28. В качестве одной из переходных форм к проведению всеобщей трудовой повинности и к самому широкому применению обобществленного труда должны быть использованы для трудовых целей освобождающиеся от боевых задач воинские части, вплоть до крупных армейских соединений. Таков смысл превращения 3-й армии в Первую Армию Труда и перенесения этого опыта на другие армии».

Однако переход к принудительному труду не встретил одобрения среди населения Советской России. Кроме того, на местах командование не всегда проявляло необходимой настойчивости в использовании красноармейцев на трудовом фронте. Вот что писал Троцкий, являвшийся председателем Реввоенсовета 1-й трудовой армии, в своем приказе № 194 от 24 февраля 1920 г.:

«Трудовые сводки свидетельствуют как о крайне незначительном числе красноармейцев, привлеченных к производительному труду, так и о чрезвычайно низком уровне производительности этого труда.

Приказываю:

1. Начальникам трудовых участков давать частям через их командиров и комиссаров определенные уроки.

2. За невыполнение урока привлекать к ответственности командный и комиссарский состав.

3. Части, недобросовестно относящиеся к трудовым обязанностям, перечислять в штрафные, устанавливая для них строжайший режим.