Л.Д. Троцкий тем временем продолжал наводить порядок на Южном фронте. 13 января 1919 г. он направил Реввоенсовету 9-й армии распоряжение № 262, в котором говорилось:

«В Камышинской группе разбежался 1-й Камышинский полк из местных уроженцев, преимущественно кулаков. Мною приказано дезертиров извлечь, разыскать и после наказания наиболее виновных составить из остальных штрафные роты или штрафной батальон (выделено нами. – Авт.), смотря по числу. Опыт показал, что такие штрафные части из условно осужденных дезертиров сражаются потом храбро и становятся даже примерными частями. Но необходимо перевести означенные части из камышинского на другой фронт. Считаю наиболее целесообразным перевести на Балашовский фронт, как ближайший, с тем, чтобы вы отсюда удалили в распоряжение камышинского командующего соответственные же части, по возможности штрафные роты. Предлагаю по поводу этого сговориться с командованием Камышинской группы».

Этот документ можно считать одним из первых, послуживших основой для создания штрафных формирований в Красной Армии. 26 января Троцкий в своей телеграмме Реввоенсовету 10-й армии приказал всех прибывающих дезертиров немедленно разоружить, предать военно-полевому суду комсостав и наиболее виновных красноармейцев, а из остальных сформировать штрафные батальоны и направить их в распоряжение Реввоенсовета армии.

Меры, принятые председателем Реввоенсовета Республики, принесли свои плоды. В войсках Южного фронта удалось навести порядок и значительно повысить дисциплину и организованность. Они активизировали свои действия и перехватили инициативу из рук противника. Однако в мае 1919 г. обстановка на Южном фронте снова обострилась из-за отказа начальника 6-й Украинской стрелковой дивизии бывшего штабс-капитана Н.А. Григорьева отправиться из Елисаветграда для оказания помощи Венгерской Советской Республике. При опоре на местное население Григорьев 7 мая поднял мятеж, захватил Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Херсон, Николаев и другие города. Наряду с этим неустойчивость проявила бригада Н. И. Махно, находившаяся на правом крыле Южного фронта. После поражения в боях с противником Махно принял решение о формировании самостоятельной повстанческой армии. Ситуация осложнилась и на северо-западе России, где Северный корпус генерала К.К. Дзерожинского создал угрозу Петрограду, который обороняли войска 7-й армии Западного фронта.

Однако не только измена Григорьева, попытка Махно создать свою армию, недостатки в организации и ведении боевых действий сказывались на боеспособности Красной Армии. По-прежнему существенными были масштабы дезертирства и уклонения от явки на призывные пункты. Так, в октябре 1918 г. – апреле 1919 г. на призывные пункты не явилось 917 тыс. человек, или 25% от общего числа граждан, подлежавших призыву. В целях усиления борьбы с дезертирством Политбюро ЦК РКП(б) 23 апреля 1919 г. постановило «развить самую широкую агитацию против дезертирства» и поручило Совету Обороны разработку планов дальнейшей агитации. О результатах выполнения этого постановления можно судить по данным, приведенным в книге С. Оликова «Дезертирство в Красной Армии и борьба с ним».

«Первые две недели оперативно-карательной и агитационной деятельности комиссий дали 31 683 задержанных и добровольно явившихся дезертиров, – пишет он. – Следующие две недели дали 47 393 дезертира.