Адмиралтейские супермены № 1 Дубасов и № 2 Рожественский, как и Николай II, не видели необходимости привлекать великий творческий потенциал С.О. Макарова к постоянной работе над созданием флота, совершенствованию его боевой подготовки и боеготовности. Еще в 1900 г. он не имел права личного доклада управляющему Морским министерством, чем роль главного командира фактически, по его же словам, была "сведена к нулю". Но и в 1903 г. он оставался лишен права обращаться к генерал-адмиралу ("Документы", ч. II, с. 554), а потому все свои инициативы должен был "пробивать", прилагая невероятные усилия и всегда рискуя вызвать крайнее неудовольствие бюрократии.

По счастью, деятельность адмирала в значительной мере отображена в выпущенных позднее в 1911 и 1912 гг. "Биографическом очерке", написанном Ф.Ф. Врангелем, в изданиях "Рассуждений по вопросам морской тактики", в двухтомнике "Документов "С.О. Макаров" (М., 1953 и 1960). Но даже и эти на редкость обширные для отечественной истории публикации не исчерпывают исключительное богатство и многообразие творческой мысли адмирала. "Истинную энергию убить трудно" – это признание, которое в своих "Рассуждениях" он сделал относительно адмирала Нельсона, в не меньшей мере и с наибольшим основанием среди всех русских флотоводцев может быть отнесено к деятельности С.О. Макарова.

Постоянный творческий поиск и обстановка застоя могли приводить адмирала к крайним решениям и даже к заблуждениям. Таковыми являются проведенное С.О. Макаровым решение о переходе флота на облегченные снаряды в 1891 г., настояние о постройке, и непременно в Кронштадте (под собственным наблюдением), в 1902 г. безбронного судна" (в проекте которого он считал возможным "благоразумнее помириться с 19 узлами скорости", разработка в 1903 г. (впрочем, на основе предложения Н.Е. Кутейникова) явно отстававшего от времени 9000-тонного броненосца с разнокалиберной (12- и 8- дм) артиллерией. Но и они составляют особо, может быть, интересный предмет для исследования всех сторон, мотивов этих решений и сопоставления их с перспективами судостроения в мире. Точно так же поучительны уроки всех тех принципиальных размолвок, которые в разное время происходили у адмирала с Д.И. Менделеевым, В.П. Верховским, Ф.В. Дубасовым, А.А. Бирилевым и др. Отстаивая свою правоту и свои понятия о долге службы, он мог защищать попавшего в сомнительную историю кронштадтского полицмейстера Шафрова или требовать наказания проявивших непочтительность выражений Н.Л. Кладо и К.П. Иессена.

Имена "беспокойный" и "кантонист", которым его исподтишка наделяли сослуживцы, имевшие "честь" дворянского происхождения, преследовали адмирала всю жизнь. Но и в условиях застоя, в обстановке почти постоянного недоброжелательства, адмирал не отступал от своих убеждений. Его творческая мысль прорывала пелену застоя, принуждала высшие сферы власти к организационным улучшениям флота и конструктивным усовершенствованиям кораблей. Немало предложений высказал он и о броненосцах серии "Бородино".

В сентябре 1902 г. С.О. Макаров обратился к председателю МТК с основательно мотивированным письмом, в котором возражал против не поддававшегося объяснению решения артиллерийского отдела (№ 25 от 31 августа). В нем вместо уже, казалось бы, тактически отработанных боевых указателей в системе управления артиллерийским огнем для броненосцев "Бородино" и "Император Александр III" (что, понятно, предстояло распространить и на остальные корабли, включая "Славу") предлагалось ввести более чем легкомысленные указатели направлений неприятельского судна с надписями "передний", "задний", "средний".