Второй Вселенский собор был созван Феодосием I в Константинополе в 381 г. Его предметом была ересь пневматомахов, утверждавших, что Дух Святой стоит ниже Отца и Сына.

Третий Вселенский собор созвал Феодосий II в Эфесе (Малая Азия) в 431 г., чтобы покончить христологический спор между константинопольским патриархом Несторием и епископом Александрии Египетской Кириллом. Обе стороны отлучили от Церкви друг друга, но в 433 г. Кириллу удалось убедить умеренных несторианцев принять именование Феотокос (Богородица) для Девы Марии, а также свои взгляды на соединение двух природ во Христе.

Халкидонский собор (451) занял твердую христологическую позицию, приняв теорию двух природ Христа. Но спор не кончился, что заставило императора Юстиниана I созвать второй Константинопольский собор (553), чтобы заново сформулировать халкидонские постановления, подчеркнув божество Христа. На том же соборе был формально осужден оригенизм.

В VIII в. самой насущной проблемой стало иконоборчество. Судьба священных изображений, то признававшихся, то отвергавшихся, решалась на соборах 754 и 787 г. и на Седьмом Вселенском соборе в Константинополе (869–870). Западные церковные власти несколько раз высказывали свое мнение по ходу этих споров. Напряжение между Востоком и Западом стало нестерпимым, когда Запад отказался признать антииконоборца Фотия византийским патриархом (863). Византийцы, со своей стороны, осудили употребление слова filioque в Символе веры (867). В 877 г. Фотий был низложен с патриаршего престола, но в 879–80, с согласия папы, восстановлен. Восточная схизма (1054) знаменовала упадок Византии, завершившийся османским завоеванием (1453). Запад же стал самодостаточен. Латеранские соборы (1123, 1139, 1179, 1215) притязали на то, чтобы быть Вселенскими. Из них самый известный — последний, введший в употребление термин «пресуществление» [Святых Даров]. Собор, созванный в Лионе в 1274 г., попытался восстановить единство церквей, но его постановления были отвергнуты константинопольским Синодом (1283).

Вьеннский собор (1311–12) обсуждал некоторые щекотливые вопросы, как-то: обряды ордена тамплиеров и толкование бедности Христа, предложенное францисканцами-спиритуалами. Заседания Констанцского собора, созванного для прекращения Великого раскола (1378 — исторической ситуации, когда несколько пап боролись за свое признание всею Церковью), продолжались с 1414 по 1418 г.

Новая попытка восстановить единство Восточной и Западной Церкви стояла в центре вселенского собора, проходившего в разных местах с 1430 по 1442 г. В 1439 г. во Флоренции латинская церковь подписала договор с греческой; за ним последовали договоры с армянской (1439), коптской и эфиопской (1442) церквами. После падения Византии Синод в 1484 г. отверг договор 1439 г. В XVI веке, когда в протестантских странах установился режим строгой нравственности, то и католический собор в Тренто (Триденте, 13 декабря 1545 — 4 декабря 1563) в ответ провел соответствующие реформы.

В XIX в. Первый Ватиканский собор (1865–1869) объявил о первенстве и непогрешимости папы. Он подчеркнул также отличия римской церкви от других христианских конфессий, но также и от светских церквей, отбросивших религиозные ценности. Последний католический собор (Второй Ватиканский, 11 октября 1962 — 8 декабря 1965) разворачивался под знаком примирения и экуменического единства. Собор был созван папой Иоанном XXIII; в нем участвовало более 2 тысяч епископов и глав монашеских орденов. Он несколько ослабил папский централизм, упразднил литургию на латинском языке, заменив ее службой на местных языках, и признал ценность исторического исследования предметов, относящихся к вере.