Учение Сингон (китайский Чжэньянь, от санскр. мантра) — одна из форм тантризма «правой руки», то есть без сексуального подтекста, систематизированная монахом по имени Кукай (774–835), который в 804–806 гг. совершил путешествие в Китай, а также получил наставления от индийского учителя в Кашмире. Иконография Сингона имеет большое значение в религиозном искусстве Японии.

Третья школа, амидаизм или Дзёдо-сю, основана монахом Хонэном (иначе Гэнку, 1133–1212).

Наконец, школа дзэн (китайская чань, из санскр. дхьяна), породившая в Китае множество сект, проникла в Японию в двух вариантах: Риндзай-сю, завоевавший многочисленных сторонников среди самураев, был введен монахом Эйсайем (1141–1215) и Сото-сю, более созерцательный и простонародный, введенный монахом Догэном (1200–1253). Социальный состав адептов обеих школ выражен в формуле: риндзай сёгун, сото домин — «Риндзай для знати, Сото для крестьян».

Эти четыре большие секты японского буддизма заняли различные позиции по отношению к проблеме благодати, вызвавшей на Западе дискуссию между Пелагием и Августином, а затем противопоставившей друг другу протестантов и католиков. Противостояние Тэндай и Дзёдо, с одной стороны, и Дзэн и Сингон, с другой происходило в более созерцательной форме. Школа Тэндай утверждает, что человек с самого рождения наделен просветлением, поэтому надо только суметь обрести его. Дзёдо-сю, как и Августин в своей полемике против Пелагия, утверждает, что никто не может обрести просветление своими собственными усилиями (дзирики), а любое спасение проистекает от благодати Будды (тарики). Столкнувшись с той же самой проблемой, Синран (1173–1262), ученик Хонэна и основатель Дзёдо Син-сю, или Истинной школы Чистой Земли, находит решение, которое можно было бы назвать лютеровским, если бы у него не отсутствовало понятие, ставшее основным в той части учения Лютера, которая основана на трудах Августина: понятие предопределения. В самом деле, Синран, будучи школой весьма демократической, подобно анабаптистам, утверждает, что весь мир уже спасен, и, как следствие, нет необходимости блюсти аскезу и, соответственно, можно вступать в брак.

Напротив, Сингон утверждает принцип сокусин дзёбуцу: можно стать Буддой в непосредственном настоящем, если исполнять определенные тантрические обряды.

Согласно учению Дзэн, обрести просветление можно посредством личных усилий; согласно же учению Риндзай добиться просветления можно сравнительно несложными способами, например при помощи коан — парадоксального вопроса, который часто сопровождается неожиданными жестами; учение Сото знает лишь один способ приобщения к просветлению: медитация в сидячем положении (дзадзэн).

Японская школа буддизма Нитирэн-сю основана монахом Нитирэном (1222–1282); Нитирэну, изначальному приверженцу Тэндай, вскоре стало тесно в рамках этой школы, и он решил ее реформировать. Личность живописная и неординарная, он упорно и яростно нападал на буддизм своего времени, обвиняя его в упадничестве; он присвоил себе моральное право напрямую выражать свои критические замечания, ибо был убежден, что является Бодхисаттвой, и даже несколькими Бодхисаттвами одновременно. Неоднократно изгоняемый, приговоренный к смерти, но потом получивший помилование, он ведет вечную войну с монахами, правительством, жалкой и прогнившей эпохой, свидетелем рождения которой он стал. Его послания, составленные на смертном одре, необычайно эмоциональны, благодаря им он пользуется широчайшей популярностью: «Я, Нитирэн, — заявляет он в Каймоку сё («Трактат об открывании глаз», 1272), — был обезглавлен в промежутке между часом Крысы и Быка, на двенадцатый день девятого месяца прошлого года: тогда во мне умер глупец.