В январе 1939 года Сталин сделал Жемчужину наркомом рыбной промышленности. Так что супруги Молотовы теперь оба входили в состав правительства. Сталина эта семейственность не смущала. Он распорядился избрать Жемчужину депутатом Верховного Совета СССР и — на XVIII съезде партии — кандидатом в члены ЦК. Полину Семеновну наградили орденами Ленина, Трудового Красного Знамени, Красной Звезды, «Знак Почета».

Но именно в это время отношение Сталина к Молотову стало постепенно меняться. Сталин начинает отдаляться от Молотова, которому отныне отводится роль не соратника, а, как и всем, подручного вождя. Сталин продолжал обсуждать с Молотовым важнейшие вопросы, но решил поставить его на место и покончить с прежними приятельскими отношениями.

В 1937 году политбюро уволило сразу нескольких помощников Молотова, и он не смог их защитить. Потом Сталин нашел слабое место Вячеслава Михайловича — его жену…

В 1939 году глава правительства Молотов получил неожиданное назначение — стал одновременно еще и наркомом иностранных дел. Считается, что таким образом Сталин желал усилить внешнеполитическое направление. В реальности назначение Молотова в Наркоминдел было признаком начинающейся опалы: Вячеслав Михайлович, по существу, отстранялся от остальных дел. В том же году у его жены возникли куда более серьезные неприятности.

На нее завели дело в Наркомате внутренних дел — по обвинению в связях с «врагами народа и шпионами». Хотя по этому обвинению следовало судить прежде всего самого Сталина — это он назначал на высокие должности тех, кого потом сам объявлял врагами…

10 августа 1939 года политбюро приняло постановление, которое прошло под высшим грифом секретности — «особая папка». В нем говорилось, что жена Молотова, чье имя старательно не называлось, «проявила неосмотрительность и неразборчивость в отношении своих связей, в силу чего в окружении т. Жемчужиной оказалось немало враждебных шпионских элементов, чем невольно облегчалась их шпионская работа».

Политбюро поручило Наркомату внутренних дел «произвести тщательную проверку всех материалов, касающихся т. Жемчужиной». Умелые люди в НКВД немедленно состряпали показания о ее причастности к «вредительской и шпионской работе» и представили их в ЦК.

Но Сталин ее пока что помиловал — для начала ему достаточно было подорвать репутацию Молотова. 24 октября политбюро вновь разбирало поведение Полины Семеновны. Более серьезные обвинения против нее были признаны «клеветническими», но упрек в «неосмотрительности и неразборчивости» записали в постановление.

Никита Хрущев вспоминал:

«Волевая женщина… производила впечатление хорошего работника и хорошего товарища. И что было приятно — никогда не давала почувствовать, что она не просто член партии, а еще и жена Молотова… Сталин относился к ней с большим уважением… На грудь Жемчужиной сыпались ордена, но все по справедливости и не вызывали каких-либо разговоров.

Вдруг, я и сейчас не могу ничем объяснить это, на Жемчужину был направлен гнев Сталина… С конкретными обвинениями в ее адрес выступил Шкирятов (заместитель председателя Комиссии партийного контроля. — Авт.)…

Жемчужина выступила в свою защиту. Я восхищался ею внутренне, хотя и верил тогда, что Сталин прав, и был на стороне Сталина. Но она мужественно защищала свое партийное достоинство и показала очень сильный характер…»

Ее сняли с поста союзного наркома рыбной промышленности и с большим понижением перевели в республиканский наркомат местной промышленности начальником главка текстильной промышленности. В феврале 1941 года на XVIII конференции ВКП(б) Жемчужина лишилась партийного звания — ее вывели из состава кандидатов в члены ЦК, что было публичной пощечиной и выражением политического недоверия.