Сигизмунд III не отказался от планов завоевания России. Его войска вновь и вновь пересекали русские рубежи. Они сожгли Козельск, Болхов, Перемышль и показались у стен Калуги. Чтобы не допустить врага к столице, русское командование направило на запад земских воевод Дмитрия Черкасского и Михаила Бутурлина со значительными силами. Они отогнали неприятеля от Калуги, освободили Вязьму, Дорогобуж, Белую, а затем осадили Смоленск. Под Смоленском командование сосредоточило 12 тысячное войско. Ровно половину из него составляли казаки.

В разгар боевых действий под Смоленском правительство направило против шведов под Новгород князя Дмитрия Трубецкого с более чем пятитысячной ратью.

Старшие бояре давно добивались высылки недавнего правительства из столицы. Вместе с ним ушла из Москвы последняя тысяча казаков, некогда осаждавших Кремль. Мелочные интриги взяли верх над военными расчетами. Боевые силы ополчения были разделены и посланы по разным направлениям. Его испытанные вожди Минин и Пожарский не участвовали в военных действиях.

Распылив силы, русское командование не сумело освободить Смоленск. Армия Трубецкого отступила от стен Новгорода.

Утвердившись на престоле, Романовы жестоко расправились с попавшими к ним в руки самозваными царями и царевичами. Еще до освобождения Москвы земские люди захватили в Пскове Лжедмитрия III. Руководители ополчения поступили мудро. Вместо того чтобы казнить «вора», они посадили его на цепь в клетку для всеобщего обозрения. Всяк мог увидеть лжецаря и плюнуть на него. После воцарения Михаила Романова Лжедмитрий III исчез бесследно.

В дни Земского собора 1613 года казацкое войско атамана Заруцкого стояло лагерем к югу от Рязани. При Заруцком находились «царица» Мария Мнишек и ее сын «царевич» Иван Дмитриевич. Казаки надеялись, что их «царевич» займет московский трон под именем Ивана V Дмитриевича всея Русии. Избрание Романова покончило с их надеждами. Заруцкий бежал на Дон, но донские казаки отказали в поддержке младенцу «царевичу». Тогда Марина Мнишек и Заруцкий обосновались в Астрахани и затеяли переговоры с Персией, рассчитывая найти там прибежище. Местный воевода князь Хворостинин и «лучшие люди» города много лет поддерживали Лжедмитрия II, но теперь и они заколебались. В Астрахани возник заговор. Воевода готовился напасть на Заруцкого и захватить его вместе с его наложницей Мариной. Атаман упредил заговорщиков и казнил Хворостинина, а с ним многих астраханцев. Но вскоре ему пришлось покинуть крепость и бежать за Волгу. Там сопровождавшие Заруцкого казаки взбунтовались и выдали властям атамана с «царицей».

Романовы не пощадили своих врагов. Казацкого боярина Заруцкого посадили накол. Младенца «воренка» Ивана Дмитриевича повесили. Коронованная «русская царица» Марина провела остаток дней в каменной башне Тульского кремля. Там она умерла от тоски и горя.

Земский собор положил конец состоянию гражданской войны. Но недруги продолжали опустошать обессилевшую страну, крымские татары разграбили дотла южные уезды. Отряды пана Лисовского совершили рейд от Калуги до Ржева мимо Ярославля, Суздаля, Мурома, на Рязань и Тулу, а оттуда за рубеж. В те же самые дни шведский король Густав II Адольф собрал войска и вместе с русскими дворянами из «Новгородского государства», образованного под эгидой шведской короны, осадил Псков. Три месяца псковичи отбивали приступы шведской армии, после чего король вынужден был отступить.

Население Новгорода не желало мириться со шведским владычеством и уходило в московские пределы. Доходы шведской казны упали: с обнищавших новгородцев нечего было взять. Король Густав III Адольф готовился к войне с Габсбургами в сердце Европы. Он первым принял мирные предложения Москвы. В начале 1617 года представители России и Швеции подписали вечный мир в деревне Столбово, неподалеку от границы.