Несколько позже Лефорту досталось еще сильнее: рассердившись на кого-то в доме полковника Чамберса, Петр, «схватив генерала Лефорта, бросил его на землю и попирал его ногами». Вот еще другой пример: Лефорт давал праздничный обед по случаю европейского Нового года. За столом, куда были приглашены «двести самых знатных лиц», кто-то из гостей разгневал Петра тем, что стал клеветать на «одну особу, занимающую при царе первое место». Реакция была неадекватной: Петр обещал отрубить голову наиболее виноватому из двух завистников. Лефорт снова хотел вмешаться, но «царь оттолкнул его от себя кулаками».

Как видим, Лефорт не раз рисковал, подставляя себя под удар. Он знал, чем вызвано подобное состояние царя: у проявляющегося деспотизма Петра были причины. Напомним, что он вернулся из Европы из-за стрелецкого бунта, который был уже подавлен до его приезда. Петр прибыл в Москву спустя месяц после того, как следствие было закончено. Его результаты не удовлетворили царя: Петр считал, что проводивший следствие Шеин не выяснил до конца ни причин, ни намерений бунтовщиков, не доказал причастности к мятежу Софьи. Отсюда его гнев и угрозы Шеину, которые едва не стоили тому жизни. 17 сентября Петр сам приступил к розыску, обещав Гордону: «Я допрошу их построже вашего». Казни начались уже 30 сентября и продолжались до февраля 1699 года. Петр составил свои вопросные статьи для подследственных. Среди прочих в них содержался вопрос: «Хотели ли Немецкую слободу разорить и иноземцев, а на Москве бояр побить хотели ли?» Пытки заставляли стрельцов признаваться в своих страшных намерениях и выдать значительную роль Софьи. 27 сентября Петр лично отправился в Новодевичий монастырь со свидетелями – стрельцами, которые, по их словам, получали от нее письма с призывом восстать против царя. Писем и других улик в руках следствия не было, доказать виновность Софьи было невозможно, чем Петр был разгневан. Он приходил в настоящую ярость, понимая, что не может предъявить Софье обвинение, в то время как ее вина для него очевидна. По словам А. К. Нартова, Петр хотел убить ее, но царевну спас Лефорт. «Франц Лефорт, – утверждает Нартов, – удержал его от этого, напомнив, что она сестра ему и что только турки убивают своих родных. Тогда государь отправился к сестре и долго разговаривал с нею. Она поразила его своим умом и смягчила слезами. Выйдя от сестры, Петр сказал Лефорту: она имеет великий ум, но жаль, что столько зла». Не будем утверждать, что рассказ Нартова вполне достоверен, однако его можно сопоставить со свидетельством Корба: тот рассказывает о споре, который происходил в доме Лефорта 18–20 декабря. Речь шла о мере наказания, которое должна понести женщина, убившая мужа. Петр был за смертную казнь, «но генерал Лефорт был противного мнения, сказав, что недостойно воина стрелять в женщину, и притом еще виновную в смертоубийстве. Сими и подобными словами произвел Лефорт на царя такое впечатление, что он оставил несчастную ожидать своей смерти». Вполне возможно, что реальным объектом этого спора была Софья, которая в результате была оставлена доживать свой век в Новодевичьем монастыре.

Во время расправы со стрельцами Петр собственноручно казнил виновных, заставляя делать то же и других. Меншиков, например, 17 октября отрубил головы 20 стрельцам. Что же Лефорт? Корб свидетельствует об этом дне: «Генерал Лефорт, приглашаемый царем взять на себя обязанность палача, отговорился тем, что в его стране это не принято». Вряд ли, конечно, то была достаточная для царя отговорка: будь на месте Лефорта другой, его бы это не спасло. У Лефорта все же оставался определенный иммунитет: быть палачом «учитель хороших манер» не мог. Причем основания для ненависти к стрельцам у Лефорта были довольно веские: на вопрос о намерениях стрельцов относительно Немецкой слободы были получены красноречивые ответы, в которых, между прочим, часто упоминалось имя Лефорта.