Но этим дело не ограничилось. В середине марта 1946 года была создана государственная комиссия по проверке деятельности ВВС. В ее состав вошли заместитель министра Вооруженных сил СССР маршал Н. А. Булганин, секретарь ЦК ВКП(б) Г. М. Маленков, главнокомандующий Сухопутными войсками и заместитель Вооруженных сил СССР маршал Г. К. Жуков, начальник Генерального штаба, первый заместитель министра Вооруженных сил СССР маршал A. M. Василевский, заместитель начальника Генерального штаба генерал армии С. М. Штеменко, начальник Главного политического управления Вооруженных сил СССР генерал-полковник И. В. Шикин и три маршала авиации — СИ. Руденко, К. А. Вершинин и В. А. Судец.

Естественно, к работе государственной комиссии подключились и органы госбезопасности. Знаменитый Смерш представил соответствующую справку. В ней указывалось, что с 1942 г. по февраль 1946 г. в частях и учебных заведениях ВВС по причине недоброкачественной материальной части произошло 45 тысяч невылетов самолетов на боевые задания, 756 аварий и 305 катастроф. В справке были указаны также и случаи, когда самолеты попросту разваливались в воздухе!

По итогам работы упомянутой государственной комиссии Постановлением СНК от 16 марта 1946 г. Новиков был снят с должности командующего ВВС как несправившийся с работой, а вскоре и арестован. Тогда же арестовали и наркома авиационной промышленности А. И. Шахурина, главного инженера ВВС А. К. Репина, члена Военного совета ВВС Н. С. Шиманова, начальника Главного управления заказов ВВС Н. П. Селезнева, заведующих отделами ЦК ВКП(б) А. В. Будникова и Г. М. Григорьяна. В приговоре Военной коллегии Верховного Суда СССР прозвучали следующие определения: антигосударственная практика, протаскивание на вооружение во время войны и уже в послевоенное время самолетов и моторов с большим браком и серьезными конструктивно-производственными дефектами и недоделками, сокрытия всего этого от правительства.

Новиков впоследствии все пытался объяснить клеветой и наветами Василия Иосифовича Сталина. Так везде и кричал после смерти Сталина — это все Васька виноват! Василий Иосифович и ответил ему… из тюрьмы, куда угодил по «милости» Хрущева, что Новиков сам виноват, ибо прекрасно был осведомлен о том, что творилось в авиационной промышленности и как генералы ВВС нагло принимали самолеты с громадным количеством дефектов, вследствие чего в массовом порядке гибли летчики, славные сталинские соколы. Генералы ВВС и их командующий маршал Новиков были уверены — «мамки новых нарожают». Почему-то от их вроде бы начиненных вполне приличными знаниями голов, как от брони, отскакивала простейшая мысль — простые мамки-то не Девы Марии и от Святого Духа зачать не могут…

Впоследствии бывший член Военного совета ВВС Н. С. Шиманов, признавая свою вину, после отсидки сказал следующее: «Шахурин создавал видимость, что авиационная промышленность выполняет производственную программу, и получал за это награды. Вместо того чтобы доложить народному комиссару обороны (то есть Сталину. — А. М.), что самолеты разваливаются в воздухе, мы сидели на совещаниях и писали графики устранения дефектов на самолетах. Новиков и Репин преследовали лиц, которые сигнализировали о том, что в армию поступают негодные самолеты».

Шахурин, также после отсидки, сквозь зубы тоже признал свою вину, сказав следующее: «Все на Сталина нельзя валить! За что-то должен и министр отвечать… Вот я, допустим, что-то неправильное сделал в авиации, так я за это и какую-то ответственность обязательно несу.