Хотя точные данные об авторских планах «Московских писем» отсутствуют, из самого текста вытекает, что у Салтыкова был более обширный замысел, не осуществленный до конца. Очевидно, предполагался развернутый полемический цикл, в котором за первым письмом — о московском театре и вторым — о московской публицистике должны были последовать письма о науке, народности, праздности и чревоугодии в Москве. Такие обещания содержатся в существующих двух письмах, тесно связанных между собой. Например, во втором письме говорится: «Я хотел писать вам о московской науке, о московской народности, о московской праздности, о московском обжорстве… Наука, народность и обжорство от нас не уйдут… Стало быть, об науке — до следующего письма…» Это следующее, третье письмо не появилось.

Исходный объединяющий замысел цикла «Московских писем» вызван, как всегда у Салтыкова, обстоятельствами современного момента и заключался в задаче обличения той идеологической «Москвы», которая после реакционного перелома 1862–1863 гг. в общественном движении давала во множестве примеры отступничества от былого сочувствия передовой русской мысли и все больше превращалась в оплот консерватизма.

Сатирические атаки Салтыкова направлены на разные явления в общественной жизни той «Москвы», о которой Герцен писал 1 июня 1862 г. в «Колоколе»: «…Как же она изменилась с тридцатых, сороковых годов… вместо Белинского — Павлов, в университете — проповедь рабского повиновения…» и т. д. Салтыков то прямо затрагивает кричащие признаки этой «деженерации» (вырождения), то касается их обиняком.

Резко сдала позиции, пошла на попятную еще недавно либеральничавшая профессура. Университетский совет во второй половине 1862 г. передал газету «Московские ведомости» (собственность университета) на правах аренды М. Н. Каткову и его ближайшему сотруднику профессору П. М. Леонтьеву. Это сильно уронило общественный престиж университета и сыграло на руку реакции. Ибо Катков к тому времени уже полностью завершил свой поворот от недавнего либерализма к союзу с правительством. В июне 1862 г. Катков напечатал в «Современной летописи» (приложение к «Русскому вестнику») пасквиль на Герцена. Александру II пасквиль понравился. Вскоре после того как «Московские ведомости» перешли в руки Каткова, газета получила исключительное право печатать казенные объявления, что было одновременно и привилегией, и формой субсидии. С этими фактами связан ряд сатирических выпадов в «Московских письмах». Например, и название выдуманного Салтыковым водевиля «Сила судьбы, или Волшебный четвертак», и куплет из этого водевиля об «интересах государственной казны», и некоторые «слухи» во втором «письме» подразумевают университетских профессоров, отдавших свою газету Каткову, и получение последним монополии на казенные объявления, что наделало тогда много шума. Скандал разросся после того, как Н. Ф. Павлов — издатель субсидировавшейся правительством газеты «Наше время», прежде весьма дружественно относившийся к Каткову, — заявил о несправедливости такой монополии. Возникла ожесточенная полемика (см. «Наше время», 1862, №№ 231, 242, 254, 264, и «Современная летопись», 1862, №№ 44, 46, 48, 50), вызвавшая многочисленные насмешки демократической печати (см.