С 1630 х годов, то есть ещё при царе Михаиле Фёдоровиче, началась организация полков нового строя – солдатских, рейтарских и драгунских. Если не вдаваться в подробности, различались они тем, что солдаты были пехотой, рейтары – конницей, а драгуны – тем и другим вместе. Рядовой состав полков поначалу набирали из беспоместных дворян и свободных людей, потом – из даточных; командный состав сначала полностью был иностранным, позднее вырастили и своих командиров, но многие иностранцы остались. По настоящему регулярными эти войска долго нельзя было назвать: в перерывах между войнами они распускались по домам. При Алексее Михайловиче призыв в полки нового строя стал пожизненным. Но сосредоточена эта сила была опять таки в Москве. В другие города полки нового строя посылали лишь по необходимости.

Ещё были два «выборных» полка, разумеется московских: набирали в них и боярских детей, и казачьих, и вольных людей, и даточных; они получали за участие в боевых действиях денежное вознаграждение и земельные наделы. Если стрельцы были самой ненадёжной силой, то выборные полки – самой надёжной. Возможно, не будь их, история пошла бы по другому. Кроме вышеописанных родов войск в Москве существовали ещё поместная конница – элитарное войско, состоящее из дворян, и жильцы, выполнявшие охранные функции и разные поручения; совершенно отдельной военной кастой были пушкари, которые передавали свои должности по наследству; были, наконец, служилые казаки.

Но пока вроде бы больших сил в ход пускать было незачем и воеводам предписывалось обходиться своими стрельцами, а Войску Донскому – урезонить своих казаков. 22 марта 1667 года (Крестьянская война. Т. 1. Док. 39) из Посольского приказа Яковлеву пришла грамота: «...и вы б послали от себя в Паншинской и Качалинской городки, выбрав из войск атамана и ясаула и з ними казаков добрых, чтобы они под Царицын и в иные места не ходили, и задоров никаких с царицынскими стрельцы не чинили, и стругов не имали, и ото всякого дурна и воровства велели их унять. А буде из тех казаков которые учинятца непослушны, и вы б тем за их непослушанье велели учинить наказанье по нашему великого государя указу и по войсковому праву, хто чего доведетца. А которые казаки объявятца з Дону в побеге, а перенять их буде не мочно, и вы б в те городы, которые их побегу чаять, ведомо чинили воеводам, чтоб их за посыльщиков ваших не почитали».

Но донское правительство никогда (кроме исключительных случаев) не спешило исполнять подобных просьб и на сей раз тоже палец о палец не ударило; как сообщается 13 июня в грамоте из приказа Казанского дворца астраханскому воеводе Хилкову (Крестьянская война. Т. 1. Док. 54), 3 мая Яковлев писал Унковскому, что «жили де они с азовскими людьми в миру, и за их миром хотел было их войсковой казак Стенька Разин со товарищи своровать, идти на море. И по их де отписке он с моря в больших лотках воротился и ничево не учинил, и прогребли мимо их Черкасского городка вверх по Дону. И они де, атаман и казаки, посылали за ними и их не нашли. А ведома де им в войску учинилось, что де тот Стенька Разин со товарыщи пошол на Волгу реку воровать». Это и без того уже было известно.

Далее Унковский сообщал царю, что «он, Ондрей, для проведыванья и уговаривать тех казаков посылал служилых людей, и те де служилые люди, приехав, сказали, что тот Стенька в зборе с товарыщи своими, с воровскими казаки, с 600 человек (а раньше сообщалось, что их было две тысячи – вообще в вопросе о численности разинцев путаница ужасная: и люди от них беспрестанно отставали и приставали новые, и осведомители ошибались и лгали.