По свежим следам уже утром после взрыва были арестованы 28 человек. Реальных обвинений против них не было. Просто, боясь повтора диверсии, командир корабля решил изолировать от команды всех наиболее недесциплинированных и неблагонадежных, по его мнению, матросов. Всех их временно заключили под стражу в кормовой кубрик. Разумеется, с юридической точки зрения это было вопиющим самоуправством. Однако, принимая во внимание реальную ситуацию на корабле, стоит согласиться с тем, что мера эта была в определенной мере оправданная, хотя и вынужденная.

Приказом командира корабля Иванова 24 августа была назначена следственная комиссия «по делу о покушении на взрыв крейсера в 3 часа 20 августа 1916 года». Председателем комиссии назначался военно-морской следователь подполковник Найденов и членами — Петерсен, Ландсберг и Булашевич.

Ведение следствия было значительно облегчено тем, что на борту крейсера, волею случая, уже достаточно продолжительное время находился весьма квалифицированный профессиональный юрист — следователь подполковник Найденов. За время нахождения на корабле и особенно за время своего первого расследования т.н. первого заговора, Найденов уже успел хорошо изучить обстановку на крейсере, познакомиться со многими членами команды, а потому во время следствия по попытке взрыва корабля чувствовал себя весьма уверенно.

26 августа арестованных матросов перевели на берег, в военно-морскую тюрьму.

До назначения этой комиссии Петерсен уже три дня производил допросы и фактически продолжал вести их дальше. Ландсберг выполнял функции секретаря, а Булашевич использовался как специалист-артиллерист. Найденов обобщал материал, формулируя обвинения. Он констатировал следующие факты.

В ночь взрыва дежурными дневальными были матрос Беляев в офицерских проходах, из коих ведет люк к выгородке погреба, тут же дежурили вестовые Борисов и Велькин. В то же время в прилегающих помещениях — кормовом кубрике и церковной палубе — дневалили матросы Шестаков и Захаров, а в машинном отделении Сафонов. Дозорным, проверившим закрытие двери в погреб, был Вешняков.

Комиссия допросила почти весь личный состав корабля, многих подозрительных с «пристрастием и моральным воздействием». Нашлись люди, которые подтвердили все необходимое и подписали заготовленные протоколы допроса.

Следствием было установлено, что в момент взрыва Захаров, Шестаков и Сафонов на своих местах дежурства не были, и в то же время свидетели Пивинский и Редикюльцев показали, что ко времени взрыва в носовом гальюне, наиболее безопасном месте, находились матросы, одетые по форме дневальных, при этом они утверждали, что это были именно обвиняемые.

Тот же Пивинский — кондукторский вестовой — показал, что Захаров и Терлеев при разводке на дневальство неожиданно просили унтер-офицера Бессонова назначить первого — в церковную палубу, а второго — на бон.

Другие матросы подтверждали, что слышали просьбу Терлеева, который учился ездить на велосипеде, что было возможно на боне, но не Захарова; последний давал ложные показания Пивинского, имевшего с ним личные счеты.

Далее Пивинский сообщил, что с 2 часов ночи 20 августа он стал рассыльным и вахтенным на шканцах, спустя 15 минут к нему подошел дневальный Шестаков и, направляясь к баку, сказал: «Я иду оправиться на бак, если кто-нибудь меня позовет, то ты покричи меня», — и ушел.

К 3 часам, по заявлению Пивинского, Шестаков все еще не возвращался, Пивинский хотел послать за ним дневального Захарова, для чего дал в люк две дудки, вызывая Захарова по фамилии, но последний не ответил и не явился.

В палубу Пивинский не спускался и поэтому не уточнил, спал ли Захаров, что бывало со всеми дневальными, или его действительно не было в кубрике.