Система командования в люфтваффе была довольно сложной. Эскадры организационно входили в состав авиадивизий либо авиакорпусов, которые создавались по территориальному признаку и не имели постоянного состава. Они осуществляли оперативное руководство действиями бомбардировщиков в определенном районе боевых действий (например, Западное Средиземноморье, Северная Африка, фронт группы армий «Б» и т. п.). При этом командиры эскадр сохраняли полную тактическую самостоятельность. Авиадивизии и корпуса, в свою очередь, подчинялись авиационным командованиям люфтваффе, также создававшимся по территориальному признаку, например для поддержки наступления на определенном участке фронта.

Высшей ступенью в организационной структуре люфтваффе был воздушный флот, каждый из которых действовал на определенном театре военных действий. Так, при вторжении в СССР на Восточном фронте было развернуто три воздушных флота: 1 – й действовал на фронте группы армий «Север», 2-й – в полосе группы армий «Центр», 4-й – на южном направлении. Командование флотов осуществляло общее стратегическое руководство действиями всех авиационных подразделений в своей зоне. Таким образом, воздушный флот или авиакорпус представляли собой, по сути, территориально-административные структуры. Воздушные флоты в свою очередь подчинялись Главному командованию люфтваффе и Генеральному штабу люфтваффе.

После победы над Францией в июне 1940 г. рейхсмаршал Геринг заявил: «В начале войны Германия была единственной страной, в распоряжении которой имелись эффективные военно-воздушные силы, являющиеся самостоятельным видом вооруженных сил и имеющие на вооружении первоклассные самолеты… Основная масса наших люфтваффе имела структуру, позволяющую наносить удары в глубине территории противника и достигать стратегических результатов». И на тот момент он был абсолютно прав.

Одна из распространенных точек зрения гласит, что командование немецкой авиации с молчаливого согласия Гитлера не позаботилось о создании стратегических бомбардировщиков, имея в виду прежде всего четырехмоторные самолеты.

Британский маршал авиации Харрис писал: «Немцы фактически совсем не имели стратегических бомбардировщиков, так как вся их бомбардировочная авиация должна была обеспечивать выполнение задач армии. Она применялась для нанесения ударов по городам только тогда, когда не требовалось обеспечения поддержки армейским частям». Примерно ту же точку зрения высказывал американский авиационный генерал Теддер: «Немцы так и не смогли понять, что означает воздушная мощь». Ряд немецких командиров и авиаторов, таких как Адольф Галланд, Альберт Кессельринг и другие, тоже считал, что авиация в первую очередь должна была выполнять именно стратегические задачи, а уж только во вторую заниматься непосредственной поддержкой войск. По их мнению, люфтваффе, и в первую очередь бомбардировочные эскадры, всю войну использовались неправильно и рассматривались только как придаток сухопутных войск.

Но есть и другое мнение. Так, британский профессор Блакетт считал, что если бы Германия направила большую часть мощностей своей промышленности на создание четырехмоторных бомбардировщиков, то это в дальнейшем значительно снизило бы мощь танковых ударов вермахта и нарушило бы прекрасно организованное взаимодействие авиации с наземными войсками.

В гитлеровской стратегии блицкрига главной задачей авиации действительно была поддержка сухопутных войск и разгром вооруженных сил противника. С этой целью самолеты-разведчики должны были обеспечить заблаговременное обнаружение целей (аэродромов, военных баз, мостов и дорог и т. д.), а истребители – завоевать господство в воздухе над местами сражений.