После бегства Лжедмитрия II «патриарх» Филарет как глава тушинского правительства, никого более не представлявшего, вступил в переговоры с интервентами. С его благословения тушинец Михайла Салтыков заключил с королевскими чиновниками в лагере под Смоленском соглашение о передаче русского трона сыну Сигизмунда III Владиславу.

Филарет двинулся вслед за бежавшими из Тушина поляками к Смоленску, но по дороге был взят в плен и доставлен в Москву. Царь Василий не решился его судить. Гермоген поспешно объявил Фаларета жертвой «зловредного вора» и вернул ему ростовскую епархию, равно как и сан митрополита. Дело было улажено к взаимному удовольствию. Филарет вскоре обрел прежнюю самоуверенность и завладел, по словам очевидцев, «большой властью над патриархом». Разрешив бывшему «тушинскому патриарху» остаться в Москве, царь совершил роковую ошибку: Филарет быстро нашел общий язык с теми, кто рассчитывал свергнуть Василия Шуйского.

Скопин-Шуйский собирался выступить со своей победоносной армией на выручку Смоленску. Однако в разгар подготовки к походу он внезапно умер. Армию повел на поляков брат царя Дмитрий Шуйский, отличавшийся редкой бездарностью. Решительное сражение произошло у села Клушина, неподалеку от Смоленска. Гетман Жолкевский энергично атаковал царские войска, после чего главные силы русской армии, не вступая в бой, укрылись в своем лагере. В разгар сражения наемное шведское войско подняло мятеж и перешло на сторону неприятеля. Дмитрий Шуйский в страхе бежал с поля боя. Царь Василий лишился армии.

Узнав о поражении царской рати, Лжедмитрий II поспешил из Калуги к Москве. Тщетно царь пытался вновь собрать армию. Посадское население Москвы и дворянство выступили против него. 17 июля 1610 года дворяне-заговорщики собрали на Красной площади внушительную толпу и обратились к ней с призывом свергнуть Василия Шуйского, принесшего стране нескончаемые беды. Опасаясь противодействия Гермогена, мятежники ворвались в патриарший дом — и престарелый Гермоген претерпел не меньше унижений, чем патриарх Иов в дни свержения Годуновых.

Все наличные воинские силы были собраны в Замоскворечье для отражения армии Лжедмитрия II. В военном лагере у Серпуховских ворот открылся своего рода Земский собор, который должен был решить судьбу трона. За низложение царя высказались Филарет, Мстиславский, Голицын. Тщетно патриарх Гермоген пытался защитить государя. Василия Шуйского силой свели из дворца на его старый двор. Два дня спустя он был пострижен в монахи и заточен в Чудов монастырь. Однако в рядах противников Василия Шуйского не было единодушия. Заговорщики-дворяне стали «в голос говорить, чтобы князя Василия Голицына на государство поставити». Этому категорически воспротивилась Боярская дума.

Филарет поспешил забыть договор с польским королем о передаче российской короны королевичу Владиславу и предпринял попытку посадить на трон своего четырнадцатилетнего сына Михаила Романова. Ему удалось добиться поддержки москвичей. Патриарх Гермоген, обеспокоенный притязаниями иноверцев, готов был принять сторону Рома новых. В конце концов решено было созвать в Москве Земский избирательный собор. В города разослали гонцов, а пока, впредь до прибытия представителей «земли», власть перешла в руки семибоярщины — боярской комиссии из семи человек. Церковный сан не позволил бывшему боярину Федору Романову — митрополиту Филарету — войти в это временное правительство, но его влияние было по-прежнему очень велико. Кроме того, в семибоярщине видное место занял младший брат Филарета — Иван Романов.