Митрополит Алексей происходил из московских бояр. Водворившийся в Литве митрополит Роман был тверичом и состоял в родстве с семьей тверского князя Михаила, а через него также и с семьей Ольгерда. Владения Романа были сравнительно невелики. Резиденцией его стал Новгородок-Волынский. В подчинение ему перешли Туровское и Полоцкое епископства. Недовольный своим положением Роман тотчас начал борьбу за подчинение Киева и других православных земель.

В 1356 году по настоянию Романа патриарх вызвал Алексея в Константинополь для окончательного раздела русской епархии. Вступив в спор из-за обладания титулом митрополита Киевского, владыки не жалели денег. Чтобы получить необходимые средства, они посылали данщиков в одни и те же епископства, что было разорительно для паствы. Москва не хотела лишаться древнейшей церковной столицы Руси — Киева. Литва не желала считаться с претензиями Москвы. В конце концов константинопольский патриарх принял решение, не удовлетворившее ни одну из сторон. Алексей сохранил титул митрополита Киевского и всея Руси, а Роман стал митрополитом Малой Руси без Киева. Однако Роман отказался подчиниться постановлению и, опираясь на поддержку Ольгерда, провозгласил себя митрополитом Киевским.

В 1358 году Алексей прибыл в Киев для осуществления своих прав, подтвержденных Константинополем. В Киеве его ждали тяжкие испытания. Московские источники старались не упоминать о пленении и долгих унижениях Алексея. Зато постановление константинопольского Синода описывало его пленение во всех подробностях. Литовский князь-огнепоклонник (Ольгерд), значилось в названном документе, «изымал» митрополита обманом, заключил под стражу, отнял у него многоценную утварь, «полонил его спутников, может быть, и убил бы его, если бы он, при содействии некоторых, не ушел тайно и таким образом не избежал опасности». В Москву Алексей вернулся после двухлетнего плена.

Ко времени его возвращения великий князь Иван II Иванович умер, а трон занял его девятилетний сын Дмитрий. В истории Московского государства наступил критический момент. Боярские распри, церковное безначалие, переход власти к несовершеннолетнему государю, застой во внешних делах ослабили позиции Москвы. Кровавая смута в Орде окончательно осложнила дело. Власть в Сарае захватил сначала хан Наурус, а весной 1360 года — хан Кидырь. Переворот привел к тому, что ярлык на великое княжество Владимирское достался суздальско-нижегородскому князю Дмитрию Константиновичу.

Митрополит Алексей, едва вернувшийся на Русь из литовского плена, не посмел перечить Орде и признал права суздальского князя на великокняжескую корону. Однако глава церкви сохранял верность московской династии и выжидал благоприятного момента. После нового кровавого переворота в Сарае утвердился хан Амурат (Мюрид), а на западных землях Орды — хан Абдуллах, ставленник темника Мамая. В 1362 году московские послы (киличеи) ездили к Амурату и добились пересмотра дела. Ханские послы привезли великокняжеский ярлык двенадцатилетнему князю Дмитрию Ивановичу в Москву. Бояре тотчас снарядили московские полки и изгнали князя Дмитрия Суздальского из Владимира.

Митрополит Алексей использовал авторитет церкви, чтобы предотвратить княжеские междоусобицы в Нижнем Новгороде. Глава церкви пытался воздействовать на враждовавших членов нижегородско-суздальской династии, использовав посредничество суздальского епископа Алексея. Когда Алексей отказался исполнить волю главы церкви, последний прибег к весьма решительным действиям. Он объявил об изъятии Нижнего Новгорода и Городца из состава епископства и взял названные города под свое управление. Вскоре суздальский епископ лишился кафедры. Сохранились сведения о том, что митрополит направил в Нижний личного эмиссара игумена Сергия, затворившего в городе все церкви. Эти сведения более позднего происхождения и относятся скорее всего к области легенд.

Дмитрию Ивановичу пришлось вести борьбу с Нижним Новгородом за великое княжение Владимирское.