Однако младший брат князя Болеслав счел положение вассала немецкого королевства позорным. Как это часто случается в истории, его возмущением воспользовались заговорщики - те, кого правление Вацлава никак не устраивало. Чтобы понять расстановку политических сил на тот момент, придется совершить небольшой экскурс в историю церкви.

В IX-X вв. католическая церковь официально еще не отделилась от православия, однако противоречия между Римом и Византией множились и углублялись. Страны, принявшие христианство от Византии, пользовались при богослужении своим родным языком, а не латынью. Поэтому моравский князь Ростислав в середине IX в. обратился в Византию с просьбой прислать просветителей, которые наладили бы в его владениях богослужение на славянском языке. Как известно, этими просветителями стали равноапостольные Кирилл и Мефодий. Однако в церковном отношении Моравия и прилегающие к ней земли подчинялись Риму и входили в состав Зальцбургского архиепископства. По ходатайству Кирилла и Мефодия римский папа Адриан II выделил моравские и чешские земли в отдельную административно-церковную единицу, сделал св. Мефодия в ее архиепископом и благословил перевод богослужебных книг на славянский язык. Однако немецкое духовенство всячески противилось деятельности «солунских братьев», а после смерти Мефодия в 885 г. постепенно начало возвращать себе как церковное, так и светское влияние. Во времена князя Вацлава богослужение в стране шло на двух языках, он хотел, чтобы эти две богослужебные традиции соседствовали во взаимном уважении, чем нажил себе немало врагов. Немецкие священники восстановили против князя завистливых вельмож, среди которых были немало язычников. Вельможи в свою очередь умело воспользовались недовольством Болеслава и уговорили его занять престол, убив брата.

Болеслав пригласил Вацлава к себе в крепость Стара Болеслав. Поводом послужили крестины его новорожденного сына. По другой версии это был храмовый праздник в честь святых Космы и Дамиана, отмечаемый 27 сентября. После пира Болеслав набросился на Вацлава с мечом. Князь Вацлав оказался сильнее, и легко одержал верх. Не желая убивать собственного брата, он лишь оттолкнул его и хотел спрятаться в церкви. Однако у самых ворот его настигли двое убийц. Один из них пронзил князя копьем в тот момент, когда он схватился за дверное кольцо (этот момент изображен на одном из вариантов герба города Стара Болеслав). Единой точки зрения на то, когда это произошло, не существует. В 1929 г. пышно отмечалось тысячелетие смерти св. Вацлава, поскольку в то время историки придерживались мнения, что князь был убит 28 сентября 929 г. Однако сегодня более вероятным годом его смерти считается 935 или даже 936 г., поскольку из записей немецкого летописца Видукинда следует, что в 929 г. чешский князь Вацлав только-только стал вассалом Генриха Птицелова.

Тело Вацлава несколько дней лежало на церковном дворе без погребения, что вызвало народное негодование. Его кровь, брызнувшую на дверь храма, долго не могли отмыть. Наконец князь был похоронен рядом с той самой церковью, где встретил свою смерть. Спустя три года Болеслав решил публично покаяться в убийстве брата. Трудно сказать, что подтолкнуло его к этому шагу - угрызения ли совести или что-то иное. Как бы там ни было, тело Вацлава  - по одним сведениям, тайно, ночью, по другим, напротив, пышно и торжественно - перевезли в Прагу и поместили в соборе св. Вита, в той ротонде, которая была построена по приказу самого Вацлава.