11 ноября «Рафаил» в составе отряда Кумани уже вышел из Севастополя для крейсерства у Босфора и Варны. Любопытно приказание Кумани своим командирам судов на случай форс-мажорных обстоятельств: «Если кто-нибудь… будет снесен бурею к Босфору и поставлен в невозможность отойти от пролива, в таком случае, он должен идти под всеми парусами через пролив в Мраморное море. А оттуда в Архипелаг, для соединения с эскадрою Балтийского флота, блокирующего Дарданеллы».

В феврале «Рафаил» участвует в уничтожении береговых батарей турецкой крепости Сизополь, а команда — в десанте на берег и штурме Сизополя. За доблесть при овладении Сизополем именно «Рафаилу» предоставляется честь доставить ключи от крепости в Варну командующему флотом.

В марте «Рафаил» участвует в обстреле крепости Ахиолло, потеряв в бою одного убитым и 4 ранеными и серьезные повреждения в оснастке и 13 пробоин корпуса. Повреждения корпуса оказались настолько опасными, что Кумани он немедленно отправил фрегат на ремонт в Севастополь. В конце апреля, по исправлении всех повреждений, «Рафаил» уже соединился с флотом у Сизополя.

В мае «Рафаил» в составе отряда судов участвует в бомбардировке крепости Агатополь. Из доклада Стройникова: «Подойдя утром сегодня (2 мая) к городу (Агатополю), фрегат “Рафаил” стал против северной батареи на картечный от нее выстрел, но не открывал огня, поджидал фрегат “Флора”, который от беспрестанных перемен ветра не мог приблизиться к берегу; нашедшим вскоре от N шквалом “Рафаил” стало дрейфовать на каменья, и когда они были уже довольно близко, фрегат, по уверению лоцмана, должен был стать на мель, тогда он, Стройников, в необходимости нашелся, обрубив канат, вступил под паруса. Обстоятельство это и сильный прибой по берегу не дозволили приступить к высадке десанта».

9 мая 1829 года «Рафаил» был определен для усиления между Синопом, Трапезондом и Батумом вместе со шлюпом «Диана», бригом «Пегас», бригантиной «Елизавета» и шхуной «Гонец». При этом Стройникову было предписано: «По соединению с теми судами принять начальство над ними, определить каждому судну пункт крейсерства и содержать в самой тесной блокаде все места между Синопом, Трапезондом и Батумом лежащие, стараясь прекратить между ними всякое сообщение; в случае недостатка воды и провизии, посылать суда за первою в Сухум-кале, а за второю в Севастополь, но с тем, чтобы они немедленно возвращались к своим постам, и чтобы более одного судна не было уволено в одно время». 10 мая в 5 часов пополуночи «Рафаил» снялся с Сизопольского рейда для следования по назначению.

20 мая флот под началом адмирала Грейга крейсировал между Пендераклиеи и Босфором. Именно тогда от датского посла в Турции барона Гибша (который представлял интересы России) была получена депеша о захвате турецким флотом у Пендераклии фрегата «Рафаил». Сообщение было столь невероятным, что в него вначале не поверили. Да, «Рафаил» находился в отдельном плавании, да, могло иметь место столкновение фрегата с турками, но в то, что наш фрегат мог спустить флаг перед противником, не мог поверить никто. Смущало и место, где был пленен фрегат. По всем расчетам, у Пендераклии «Рафаил» просто не мог находиться, так как должен был направляться совсем в другую часть Черного моря, где появление линейных сил турецкого флота почти исключалось. В ответном письме адмирал Грейг попросил Гибша, чтобы Стройников, старший офицер фрегата капитан-лейтенант Киселев и поручик корпуса флотских штурманов Поляков представили подробное объяснение об обстоятельствах сдачи ими фрегата.