Однако из Петербурга следует окрик. Николай I не просто возмущен, а взбешен происшествием на Черноморском флоте. Поняв, что спасти Стройникова ему уже не удастся, зато он может лишиться доверия императора, адмирал Грейг сразу же меняет мнение на противоположное: «Стройникова казнить смертию…»

Вскоре после подписания мира между Петербургом и Константинополем Казарский доставляет в Николаев офицеров и команду «Рафаила». Сразу же начинается следствие, а затем и суд. Однако незадолго до начала процесса происходит неожиданное — уходит из жизни один из главных фигурантов дела. Официально было объявлено, что капитан-лейтенант Киселев умер в Сизополе до начала военного суда. По слухам, он не умер, а сам свел счеты с жизнью, понимая, что впереди у него пустота.

Из приговора военного суда: «Капитана 2-го ранга Стройникова за отступление от данной ему инструкции взятием курса вместо Трапезонда на Амасеру, что подвергло его встрече с неприятельским флотом; за несообразное с законами собирание консилиума, причем нерешительностью своею вовлек в такую же нерешительность и всех подчиненных ему офицеров, а паче молодых и неопытных; за неправильное донесение о сопротивлении нижних чинов и, что многие из них по причине качки не находились при своих местах и наконец, за сдачу фрегата без боя — казнить смертию. Офицеров за невоспрепятствование, по содержанию артикула 73, сдаче фрегата — казнить смертию. Нижних чинов, за исключением находившихся в крюйт-камерах, трюме и на кубрике, за неприятие мер, по силе того же артикула — казнить смертию по жребию десятого».

Адмирал Грейг имел на сей счет свое мнение: «Стройникова казнить смертию. Лейтенанта Броуна, как бывшего в болезненном состоянии и не имевшего бодрости духа, подобно здоровому, подвергнуть аресту с содержанием на гауптвахте. Унтер-лейтенанта Панкевича, хотя не употребившего никаких мер к исполнению закона, но предлагавшего защищать фрегат, содержать арестованным в продолжение года на гауптвахте. Мичмана Вердемана, находившегося в крюйт-камере, шкиперского помощника Цыганкова и лекаря Дорогоневского оставить свободными от наказания. Наконец, всех прочих офицеров разжаловать в рядовые с лишением дворянского достоинства».

Относительно нижних чинов мнение Грейга было следующим: «Принимая с одной стороны во внимание совершенную готовность их к защите, а с другой, привычку к слепому, почти, повиновению своим начальникам, что составляет главное достоинство дисциплины, и чувствуя, сколь затруднительно должно быть для нижних чинов в критических обстоятельствах видеть и различить ту черту, за пределами которой они освобождаются от повиновения начальникам и делаются распорядителями их; равномерно, соображая о крайнем затруднении, в котором бы находились нижние чины, приняв на себя власть, действовать без начальства, нахожу требуемое законом (артикул 73), воспрепятствование со стороны нижних чинов сдаче фрегата, против желания начальников их, невозможным к исполнению».

Получив решение военного суда с приложением «особого» мнения адмирала Грейга, император Николай повелел: «Лейтенанта Броуна, мичмана Вердемана, лекаря Дорогоневского, шкиперского помощника Цыганкова и всех нижних чинов — простить. Стройникова, лишив чинов, орденов и дворянского достоинства, сослать в Бобруйск в арестантские роты; прочих офицеров разжаловать в рядовые до выслуги».

В ходе расследования в деле «Рафиала» вскрылась и еще одна гнусность, причем такая, равной которой в истории нашего флота рк точно не было. Авторами ее были два негодяя — командир фрегата и его старший офицер. Именно они фактически составили заговор по сдаче судна, это они давили на офицеров, не стесняясь прямых угроз, и это они, наконец, обвинили виновными в сдаче «Рафаила» своих матросов. Что ж, порой действительно бывало так, что команда выходила из повиновения своих офицеров.