Однако все эти мелкие хитрости не могли подействовать на патриарха Иова: он отличался великолепной способностью к сосредоточению и удивительной памятью. Председательствуя на обсуждении результатов обыска, московский первосвятитель не мог не видеть злостных нарушений следственной практики, перечеркивающих для любого непредвзятого суда все выводы комиссии Шуйского.

Земский обыск (он же «повальный» и «большой») был весьма популярным методом расследования дел о мятеже, измене и убийстве, еретичестве, разбое, воровстве, о служебных преступлениях, имущественных спорах, о «непригожих речах» и самоубийствах. Правила ведения обыска, предшествующего судебному расследованию, были хорошо разработаны.

Обыск должен был проводиться всеми людьми «сряду», а не «выбором», как сделала комиссия Шуйского. Бросалось в глаза, что к делу о смерти сына Ивана Грозного и восстании в Угличе было привлечено ничтожно мало людей — менее полутора сотен, в то время как по самым незначительным делам выспрашивалось по 200 — 500 и более человек.

Нетрудно было заметить, что те, кого комиссия привлекла для дачи показаний, подвергались давлению. Вместо записи свидетельских показаний, что должно было происходить на этом этапе ведения дела, производились допросы с пристрастием и очные ставки. Шуйский с товарищами явно пренебрегал юридическими нормами!

Да и в самом содержании обыскного дела, ведшегося с вопиющими нарушениями, были явные нестыковки и противоречия. Так, один из свидетелей «самоубийства» царевича, стряпчий Семейко Юдин, признался, что, когда царевич Дмитрий закололся ножом, «он в те поры стоял у поставца, а то видел». Но у поставца — горки с посудой во дворце — стояли еще три человека, которые ничего не видели, хотя царевича «било долго»! Более того, по показаниям целой группы людей получалось, что о смерти царевича они вместе с Юдиным узнали только тогда, когда во дворец прибежал насмерть перепуганный жилец Петрушка Колобов, игравший с несчастным Дмитрием.

Другой лжесвидетель — мамка царевича Василиса Волохова, сынишку которой восставшие угличане убили как убийцу Дмитрия, — распространялась о старой болезни царевича и его смерти во время очередного приступа, при котором она якобы присутствовала. Волохова наговорила примерно в 10 раз больше, чем действительные свидетели смерти Дмитрия: кормилица Орина Тучкова, постельница Мария Колобова и четверо мальчиков-жильцов, допрошенных оптом. Между тем никто из них не упомянул Волохову среди присутствовавших при смерти царевича.

Показания Василисы были важны для Шуйского с товарищами еще и потому, что инициаторами угличского бунта она называла царицу Марию и Михаила Нагого. Тем более удивляло отсутствие в деле рассказа самой Марии, с которой комиссия должна была начать сбор «обыскных сказок». Немало накладок в работе следствия было сделано при подборе обвинений против Михаила Нагого.

Шуйский с товарищами ухватился за то, что угличский городовой приказчик Русин Раков, приказавший горожанам, по его собственному признанию, убить М. Битяговского и других заподозренных в покушении на царевича лиц, насмерть перепугался и выразил готовность подтвердить все, что угодно. Комиссия провела целое расследование о том, как Михаил Нагой, поднимая шум на весь Углич, собирал разнообразное оружие и складывал на тела побитых, дабы они были похожи на убийц царевича (при этом оружие мазалось куриной кровью).

Допросы показали, что в дело с оружием прочно замешан сам Раков, холопы, Григорий Нагой, но вовсе не Михаил, уличить которого так и не удалось. Не лучше обстояло дело с вопросом, кто позволил (или приказал) сбежавшимся на царевичев двор горожанам убить Битяговского с компанией. Поначалу в показания свидетелей, говоривших, что Битяговский стал бранить прибежавших посадских, было добавлено — и Михаила Нагого.