Стимулировав таким образом всеобщее ликование, патриарх тут же в монастыре отслужил торжественный молебен во здравие нового государя, приказав всем молиться за государя царя и великого князя Бориса Федоровича. Лишь когда жаркие эмоции толпы переплавились в умиление, Иов повел шествие назад, в столицу. Патриарху предстояли большие приготовления к торжественному возвращению Годунова в Москву.

26 февраля 1598 года Иов во главе московского духовенства встречал Бориса Годунова у стен столицы. Специально отобранные «народные представители» подносили правителю хлеб-соль, принявшие сторону Годунова бояре и купцы по традиции чествовали нового государя драгоценными кубками и соболями. Хитроумный Борис Федорович не принимал даров, кроме хлеба и соли, зато милостиво звал всех к «царскому столу»: знать — во дворец, народ — на хмельные напитки и закуски, выставляемые из казенного погреба.

В Успенском соборе патриарх Иов отслужил торжественную литургию, молясь о благоденствии царя Бориса Федоровича, и благословил его «на Московское царьство всея Великия Русия» крестом. Затем Годунов молился в Архангельском соборе над гробами прежних великих государей, посетил Благовещенский собор и царские палаты, но не остался в них.

Судя по всему, Борис Федорович даже не пытался завершить свой торжественный въезд в столицу обещанным пиршеством. Дворец, в котором он издавна был хозяином, теперь угрожающе молчал. Государев двор не спешил склониться перед опричником, и собранные духовенством толпы черни не могли заменить уклонившихся от встречи Бориса Федоровича зажиточных москвичей. Годунов и его сторонники среди приветственных криков и торжественного звона колоколов чувствовали окружавшую их пустоту.

В безопасности Борис Федорович ощутил себя только на патриаршем дворе, где долго наедине беседовал с Иовом. Союзники решили начать новый круг пропагандистской кампании. Объявив о болезни царицы-инокини, Годунов на Великий пост укрылся в Новодевичьем монастыре. Больше месяца он оставался там, лишь изредка появляясь в столице для участия в боярских советах по не терпевшим отлагательства делам. Зато не дремал патриарх Иов.

На второй неделе поста, 9 марта, патриарх собрал Освященный Собор и своих сторонников в Боярской думе, призвав всех молить Бога, «чтоб благочестивого великого государя царя нашего Бориса Федоровича сподобил облечься в порфиру царскую». День 21 февраля, когда Годунов дал согласие венчаться на царство, Иов предложил объявить ежегодным праздником, отмечаемым крестным ходом в Новодевичий монастырь. Собравшиеся обещали «молиться Богу» с этой целью «непрестанно, день и ночь».

К середине марта патриарх составил Соборное определение об избрании Бориса Федоровича на царство 17 февраля по «завещанию» Ивана Грозного и Федора Иоанновича, но от распространения столь очевидной лжи пока воздержался. В Богомольной грамоте от 15 марта, разосланной Иовом по всем епархиям и крупным монастырям, о «выборах» 17 февраля даже не упоминалось!

Посланцы Иова несли по стране вести о том, как после смерти Федора Иоанновича патриарх с Освященным Собором, «весь царьский синклит и всенародное множество всего Российскаго царьства» не смогли упросить царицу Ирину, чтобы она «царьство свое правила». Затем в Богомольной грамоте подробно рассказывалось о шествиях просителей в Новодевичий монастырь к Ирине и Борису Годунову вплоть до их успешного завершения 21 февраля и о благословении Бориса Федоровича в Москве 26 февраля.

О том, что Годунов вынужден был вновь покинуть столицу, грамота умалчивала. Иов старался убедить россиян, что Борис Федорович уже утвердился на престоле. Богомольная грамота была для этого мощным средством. Она повелевала провести во всех храмах, в городах, селах и монастырях трехдневные молебны со звоном колоколов в честь нового царя и впредь неукоснительно поминать Бориса Федоровича в молитвах как самодержца.