Игнатий, бывший в числе ближних советников Дмитрия Ивановича, помнил, сколь многие отговаривали государя от излишней мягкости. Однако Дмитрий посчитал, что помилование изобличенного врага произведет еще лучшее впечатление, и повелел отправить Василия с братьями в ссылку. Впоследствии духовные лица, участвовавшие в вынесении Шуйскому смертного приговора, могли делать вид, будто были уверены в таком повороте событий, хотя в действительности жизнь боярина висела на волоске. В народ был пущен слух, что причиной помилования была сердечная доброта государя и просьба его матери Марфы.

Царица, однако, была еще далеко от столицы. Даже командовавший высланной за нею пышной свитой князь Михаила Васильевич Скопин-Шуйский не знал, в какой истории успели побывать его близкие родственники. Отсутствие Марфы Федоровны не мешало Дмитрию Ивановичу ссылаться на нее и выражать подчеркнутое почтение. 17 июля, почти месяц спустя после своего утверждения в Москве, государь с патриархом и придворными выехал встречать царицу в село Тайнинское. На месте встречи были заранее поставлены шатры, о событии было широко объявлено, и несметные толпы народа из столицы, окрестных сел и городов собрались вокруг.

Игнатий, находившийся рядом с героями дня, не мог поверить, что кто-либо решится отрицать происхождение Дмитрия Ивановича, видя трогательную встречу матери с сыном. Обняв друг друга, Дмитрий и Марфа обливались слезами, и вся толпа рыдала от избытка чувств. Четверть часа они что-то говорили друг другу, затем государь посадил мать в роскошную карету и сам пошел рядом пешком, с непокрытой головой. Огромная свита шествовала в отдалении, давая собравшимся лицезреть образец сыновнего почтения. Сгущались сумерки, и вступление в столицу было отложено на следующий день.

Народное ликование 18 июля было не менее мощным, чем при вступлении в Москву самого Дмитрия. Армия звонарей неистовствовала, народ восторженно вопил и падал наземь перед процессией, представители всех чинов и сотен несли дары, духовенство возносило благодарственные молитвы, старцы умилялись, средневечные радовались возможности показать свои достатки, молодежь была в восторге, избавившись от родительской опеки, нищие были надолго обеспечены щедрой милостыней. Патриарх Игнатий с виднейшими архиереями отслужил по случаю воссоединения царской семьи торжественную литургию в Успенском соборе.

Царица Марфа Федоровна разместилась в кремлевском Вознесенском девичьем монастыре, где для нее были возведены новые роскошные покои, и содержалась как сам Дмитрий Иванович, получая все лучшее от дворцовых ведомств. Почтительный сын каждодневно навещал ее, проводя в беседах часа по два и выказывая столько ласки и почтения, что закоренелые скептики вынуждены были признать его родным сыном Марфы Федоровны. Только получив благословение царицы, Дмитрий Иванович согласился назначить день своего венчания царским венцом.

30 июля 1605 года патриарх Игнатий в присутствии всего Освященного Собора, Боярской думы, московского и выборного дворянства , представителей городов и сословий по традиционному обряду венчал на царство счастливо спасшегося от происков врагов государя Рюрикова корня. После службы в Успенском соборе церемония продолжалась в Архангельском храме. Дмитрий Иванович облобызал надгробия предков — великих князей — и вновь принял на главу шапку Мономаха от архиепископа Арсения Елассонского (настоятеля Архангельского собора).

Начало нового царствования ознаменовалось щедрой раздачей чинов и наград. Особо милостив государь был к своим родственникам Нагим, много лет страдавшим в тюрьмах и ссылках: старший из них получил чин конюшего боярина — первого в Думе, трое других стали боярами. Чины и имущество были возвращены оставшимся после репрессий Годунова в живых представителям видных родов: Черкасских, Романовых, Головиных и прочих; удаленный Борисом от дел думный дьяк Василий Яковлевич Щелкалов вместе с Афанасием Ивановичем Власьевым были удостоены невиданной для дьяков чести — пожалованы в окольничие.