Сие дело – одно из гнуснейших Борисова ожесточения и бесстыдства. Не только Романовым, но и всем их ближним надлежало погибнуть, чтобы не осталось мстителей на земле за невинных страдальцев. Взяли князей Черкасских, Шестуновых, Репниных, Карповых, Сицких; знатнейшего из последних, князя Ивана Васильевича, наместника астраханского, привезли в Москву скованного с женою и сыном. Допрашивали, ужасали пыткою, особенно Романовых; мучили, терзали слуг их безжалостно и бесполезно: никто не утешил тирана клеветою на самого себя или на других; верные рабы умирали в муках, свидетельствуя единственно о невинности господ своих пред царем и богом. Но судии не дерзали сомневаться в истине преступления, столь грубо вымышленного, и прославили неслыханное милосердие царя, когда он велел им осудить Романовых со всеми их ближними единственно на заточение, как уличенных в измене и в злодейском намерении извести государя средствами волшебства. В июне 1601 года исполнился приговор боярский: Феодора Никитича Романова (будущего знаменитого иерарха), постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву обитель; супругу его, Ксению Ивановну, также постриженную и названную Марфою, – в один из Заонежских погостов; тещу Феодорову, дворянку Шестову, – в Чебоксары, в Никольский девичий монастырь; Александра Никитича – в Усолье-Луду, к Белому морю; третьего Романова, Михаила, – в Великую Пермь, в Ныробскую волость; четвертого, Ивана, – в Пелым; пятого, Василья, – в Яренск; зятя их, князя Бориса Черкасского, с женою и с детьми ее брата, Феодора Никитича, с шестилетним Михаилом (будущим царем!) и с юною дочерью, – на Белоозеро; сына Борисова, князя Ивана, в Малмыж на Вятку; князя Ивана Васильевича Сицкого – в Кожеозерский монастырь; а жену его – в пустыню Сумского острога; других Сицких, Федора и Владимира Шестуновых, Карповых и князей Репниных – в темницы разных городов: одного же из последних, воеводу яренского, будто бы за расхищение царского достояния, – в Уфу. Вотчины и поместья опальных роздали другим; имение движимое и домы взяли в казну.

Но гонение не кончилось ссылкою и лишением собственности: не веря усердию или строгости местных начальников, послали с несчастными московских приставов, коим надлежало смотреть за ними неусыпно, давать им нужное для жизни и доносить царю о каждом их слове значительном. Никто не смел взглянуть на оглашенных изменников, ни ходить близ уединенных домов, где они жили, вне городов и селений, вдали от больших дорог; некоторые – в землянках, и даже скованные. В монастырь Сийский не пускали богомольцев, чтобы кто-нибудь из них не доставил письма Феодору Никитичу, иноку невольному, но ревностному в благочестии: коварный пристав, с умыслом заговаривая ему о дворе, семействе и друзьях его, доносил Царю, что Филарет не находит между боярами и вельможами ни одного весьма умного, способного к делам государственным, кроме опального Богдана Бельского, и считает себя жертвою их злобных наветов; что хотя занимается единственно спасением души, но тоскует о жене и детях, не зная, где они без него сиротствуют, и моля бога о скором конце их бедственной жизни (бог не услышал сей молитвы, ко счастию России!). Донесли также царю, что Василий Романов, отягченный болезнию и цепями, не хотел однажды славить милосердия Борисова, сказав приставу: «Истинная добродетель не знает тщеславия». Но Борис, как бы желая доказать узнику истину своего милосердия, велел снять с него цепи, объявить за них царский гнев приставу, излишно ревностному в угнетении опальных, – перевезти недужного Василия в Пелым, к брату Ивану Никитичу, лишенному движения в руке и ноге от удара, и дать им печальное утешение страдать вместе. Василий от долговременной болезни скончался (15 февраля 1602) под молитвою брата и великодушного раба, который, верно служив господину в чести, служил ему и в оковах с усердием нежного сына.