В капитуляриях Карла Великого (747–814) встречаются предписания, обязывающие епископов следить за нравами и надлежащим исповеданием веры в их епархиях, а также искоренять языческие обычаи на саксонских границах. В 844 году Карл Лысый, первый король Западно-Франкского королевства (Франции), предписал епископам утверждать народ в вере посредством проповедей, а также расследовать и исправлять его заблуждения.

В IX–XI веках епископы достигли очень высокой степени могущества, и их деятельность стала отличаться повышенной энергией. Уже в эту эпоху Церковь начала гораздо охотнее обращаться к насильственным мерам против еретиков. Наиболее строгими наказаниями уже в ту пору стали конфискация имущества и сожжение на костре.

Слово «инквизиция», в техническом смысле, впервые было употреблено на Турском соборе католической церкви, имевшем место в 1163 году.

Особый церковный суд католической церкви под названием «инквизиция» был создан в 1215 году папой Иннокентием III. Церковный трибунал, которому было поручено «обнаружение, наказание и предотвращение ересей», был учрежден в Южной Франции в 1229 году папой Григорием IX.

После этого основной задачей инквизиции стало определение, является ли обвиняемый виновным в ереси.

Тем же папой Григорием IX инквизиция была введена в Каталонии, а из Каталонии она быстро распространилась по всему Пиренейскому полуострову.

Таким образом, испанская инквизиция стала отголоском событий в Южной Франции (Крестовых походов против альбигойцев). Но на территории нынешней Испании она получила новую организацию и вскоре приобрела огромное политическое значение. Дело в том, что Пиренейский полуостров представлял собой наиболее благоприятные условия для развития инквизиции. Там шла многовековая борьба с маврами, исповедовавшими ислам (арабы завоевали большую часть полуострова в 711 году), и это способствовало развитию в народе религиозного фанатизма. Им-то с большим успехом и воспользовались водворившиеся здесь монахи-доминиканцы. Нехристиан, а именно мавров и евреев, было очень много на территориях, отвоеванных у мавров христианскими королями. Но главное заключалось не только в этом. Самое страшное было в том, что мавры и усвоившие их образованность евреи являлись наиболее просвещенными и зажиточными слоями населения. Как следствие, их богатство внушало зависть простому народу и представляло огромный соблазн для правительства. В результате уже в конце XIV века масса мавров и евреев вынуждена была принять христианство, но многие и после того продолжали тайно исповедовать религию своих отцов.

Для оккупированной на много веков маврами территории это может показаться удивительным, но главным объектом гнева инквизиции на Пиренейском полуострове стала именно «иудействующая ересь».

Например, в июне 1391 года перестала существовать самая многочисленная еврейская община — севильская. Более четырех тысяч евреев были убиты, около двадцати тысяч приняли христианскую веру. Насилия и убийства, происходившие под покровительством правительства и Церкви, охватили всю территорию нынешней Испании. Тринадцать лет происходили погромы и грабежи еврейских общин по всей территории полуострова. В 1391 году половина общин исчезла совсем, а другая стала состоять из «конверсос» — обращенных в христианство евреев.

В начале XV века на судьбу евреев огромное влияние оказала деятельность монаха-доминиканца Висенте Феррера, духовника короля Арагона и Валенсии Хуана I. Он три года ходил по городам и селам, проповедуя всеобщее крещение евреев и порождая в народе еще большую ненависть к ним. По его инициативе был принят Вальядолидский статут, очень сильно ограничивший права еврейского населения (евреям было запрещено менять место жительства, работать хирургами и аптекарями, занимать государственные посты, нанимать христиан в услужение и т. д.). Отметим, что этот человек умер в 1419 году, то есть еще до рождения Томаса де Торквемада.