Он был захоронен в церкви Санта-Крус в городке Торквемада, в котором он родился и откуда родом было большинство его родственников.

Дедом Хуана де Торквемада был Перо Фернандес де Торквемада, сын Лопе Альфонсо де Торквемада и доньи Хуаны (в некоторых источниках — Аны) де Коллазос. В ряде источников XVIII века указывается на то, что Перо Фернандес де Торквемада был рехидором Бургоса.

Перо Фернандес де Торквемада женился на донье Хуане Фернандес де Товар, уроженке Вальядолида.

Хуана Фернандес де Товар была похоронена в церкви Сан-Франциско в Вальядолиде. От брака с Перо Фернандесом де Торквемада у нее родилось два сына — Гарсия Фернандес де Торквемада и Альваро Фернандес де Торквемада, ставший рехидором Вальядолида.

В книге «Род де ла Кабрера из Кордовы: историко-генеалогическое сочинение», изданной в 1779 году, удается найти имя жены Альваро Фернандеса де Торквемада — это донья Беатрис Фернандес.

От их брака родились кардинал Хуан де Торквемада и Перо Фернандес де Торквемада. Последний же, женившись на донье Менсии Ортеге, в 1420 году стал отцом будущего великого инквизитора Томаса де Торквемада.

Кто из этих людей мог быть женат на обращенной в христианство еврейке? Возможно, этой «конверсо» была Беатрис Фернандес? Точно сказать нельзя. Но именно от некоей женщины и пошло большинство разговоров о еврейских корнях великого инквизитора. Была это его бабушка, или прабабушка, или прапрабабушка? Кто знает… В любом случае утверждения о том, что Томас де Торквемада был «марраном», «чистокровным евреем» и «евреем-выкрестом» — это либо намеренная ложь, либо ошибка, связанная с путаницей в понятиях «конверсо» и «обращенный еврей».

А откуда, кстати, вообще взялась версия о еврейских корнях Торквемады?

Все историки и биографы ссылаются на Фернандо дель Пульгара и на его хронику «Светлые люди Кастилии». Фактически это и есть единственный исторический первоисточник данной версии. В этой хронике о кардинале Хуане де Торквемада написано следующее: «Хуан де Торквемада, кардинал Сан-Систо, был человеком большого роста, худым, с манерами почтенными и изысканными, он родился в городе Бургосе. Его предки происходили из евреев, обращенных в нашу святую веру».

Последняя фраза в оригинале выглядит так: «Sus abuelos de linage de Judios convertidos a nuestra Santa Fe».

Фернандо дель Пульгар, как мы уже знаем, был летописцем Изабеллы Кастильской и Фердинанда Арагонского. Принято считать, что он сам был «конверсо». Но в его произведении содержится немало весьма серьезных ошибок. Например, в нем сказано, что кардинал Хуан де Торквемада родился в Бургосе, хотя на самом деле он родился в Вальядолиде. Человек, ошибшийся в одном, мог ошибиться и в другом. С другой стороны, будучи сам «конверсо», Фернандо дель Пульгар вполне мог умышленно представить одного из высших руководителей католической церкви в качестве «конверсо», чтобы продемонстрировать прецедент и в случае чего защитить самого себя.

Именно на это указывает, в частности, Норман Рот, который квалифицирует творчество Фернандо дель Пульгара как «особенно романизированное», то есть приспособленное к политическим веяниям того времени.

Фридрих Бутервек в «Истории испанской литературы» рассказывает о нем: «Фернандо дель Пульгар занимал место историографа в период правления Изабеллы и Фердинанда. Этот весьма изобретательный человек имел большие амбиции, он хотел стать Плутархом своей нации».

Немаловажен и такой факт: термин «sus abuelos» в оригинальном тексте Фернандо дель Пульгара в переводе с испанского может иметь два значения.