После благополучного решения политического и социального вопроса поднялся вопрос религиозный. Его возбудил сам император, и прежде всего по отношению к христианству. В это время христианство находилось в таком положении. При очень значительном численном уменьшении своего состава – на всем земном шаре оставалось не более сорока пяти миллионов христиан – оно нравственно подобралось и подтянулось и выигрывало в качестве, что теряло в количестве. Людей, не соединенных с христианством никаким духовным интересом, более уже не числилось между христианами. Различные вероисповедания довольно равномерно уменьшились в своем составе, так что между ними сохранялось приблизительно прежнее числовое отношение; что же касается до взаимных чувств, то хотя вражда не заменилась полным примирением, но значительно смягчилась, и противоположения потеряли свою прежнюю остроту. Папство уже давно было изгнано из Рима и после многих скитаний нашло приют в Петербурге под условием воздерживаться от пропаганды здесь и внутри страны. В России оно значительно опростилось. Не изменяя существенно необходимого состава своих коллегий и официй, оно должно было одухотворить характер их деятельности, а также сократить до минимальных размеров свой пышный ритуал и церемониал. Многие странные и соблазнительные обычаи, хотя формально не отмененные, сами собою вышли из употребления. Во всех прочих странах, особенно в Северной Америке, католическая иерархия еще имела много представителей с твердою волей, неутомимою энергией и независимым положением, еще сильнее прежнего стянувших единство католической церкви и сохранявших за нею ее международное, космополитическое значение. Что касается до протестантства, во главе которого продолжала стоять Германия, особенно после воссоединения значительной части англиканской церкви с католическою, то оно очистилось от своих крайних отрицательных тенденций, сторонники которых открыто перешли к религиозному индифферентизму и неверию. В евангелической церкви остались лишь искренно верующие, во главе которых стояли люди, соединявшие обширную ученость с глубокою религиозностью и с все более усиливавшимся стремлением возродить в себе живой образ древнего подлинного христианства. Русское православие, после того как политические события изменили официальное положение церкви, хотя потеряло многие миллионы своих мнимых, номинальных членов, зато испытало радость соединения с лучшею частью староверов и даже многих сектантов положительно-религиозного направления. Эта обновленная церковь, не возрастая числом, стала расти в силе духа, которую она особенно показала в своей внутренней борьбе с размножившимися в народе и обществе крайними сектами, не чуждыми демонического и сатанического элемента.

В первые два года нового царствования все христиане, напуганные и утомленные рядом предшествовавших революций и войн, относились к новому повелителю и его мирным реформам частию с благосклонным выжиданием, частию с решительным сочувствием и даже горячим восторгом. Но на третий год, с появлением великого мага, у многих православных, католиков и евангеликов стали возникать серьезные опасения и антипатии. Евангельские и апостольские тексты, говорившие о князе века сего и об антихристе, стали читаться внимательнее и оживленно комментироваться. По некоторым признакам император догадался о собирающейся грозе и решил скорее выяснить дело. В начале четвертого года царствования он издает манифест ко всем своим верным христианам без различия исповедания, приглашая их избрать или назначить полномочных представителей на вселенский собор под его председательством. Резиденция в это время была перенесена из Рима в Иерусалим. Палестина тогда была автономною областью, населенною и управляемою преимущественно евреями. Иерусалим был вольным, а тут сделался имперским городом. Христианские святыни оставались неприкосновенными, но на всей обширной платформе Харамэш-Шерифа, от Биркет-Исраин и теперешней казармы, с одной стороны, и до мечети Эль-Акса и «соломоновых конюшен» – с другой, было воздвигнуто одно огромное здание, вмещавшее в себе кроме двух старых небольших мечетей обширный «имперский» храм для единения всех культов и два роскошные императорские дворца с библиотеками, музеями и особыми помещениями для магических опытов и упражнений.