Согласно философии Шри Чайтаньи, которая называется ачинтья-бхедабхеда-таттвой и, по сути, является философией санкхьи, Верховный Господь одновременно тождествен Своему творению и отличен от него. На основе этой философской концепции Шри Чайтанья учил, что легче всего практиковать медитацию санкхья-йоги, повторяя святое имя Господа. Святое имя — это звуковое воплощение Бога, и, поскольку Господь является абсолютным целым, между святым именем и трансцендентной формой Господа нет разницы. Поэтому, произнося святое имя Господа, можно посредством этой звуковой вибрации общаться с Самим Богом. Совершенствуясь в повторении святого имени, человек проходит через три стадии: стадию оскорблений, стадию очищения и трансцендентную стадию. На стадии оскорблений у него сохраняется стремление к различным видам материального счастья, однако на второй стадии он полностью очищается от мирской скверны. Достигнув же трансцендентного уровня, человек обретает самое желанное — любовь к Богу. Господь Чайтанья учил, что это и есть высшее совершенство для человека.

Практика йоги прежде всего подразумевает обуздание чувств. Все чувства подчиняются уму, поэтому в первую очередь нужно обуздать ум, заняв его деятельностью в сознании Кришны. Грубая деятельность ума проявляется через органы тела, которые помогают человеку приобретать знания, а также осуществлять свои желания. Тонкая деятельность ума заключается в размышлениях, ощущениях и желаниях; она может быть оскверненной или чистой в зависимости от нашего сознания. Если ум сосредоточен на Кришне (Его имени, качествах, облике, играх, окружении и атрибутах), вся наша деятельность — как на тонком, так и на грубом уровне — приносит нам благо. Метод очищения сознания, рекомендованный в «Бхагавад-гите», заключается в том, чтобы сосредоточить ум на Кришне, беседуя о Его божественных деяниях, посещая Его храм, убирая в храме, созерцая прекрасный образ Господа, слушая о Его божественной славе, вкушая предложенную Ему пищу, общаясь с Его преданными, вдыхая аромат листьев туласи и предложенных Господу цветов, делая что-нибудь для Господа и т.д. Никто не может остановить деятельность ума и чувств, однако ее можно очистить, если изменить сознание. О такой перемене Кришна говорит в «Бхагавад-гите», когда раскрывает Арджуне науку йоги, постигнув которую человек может действовать, не навлекая на себя кармических последствий. «О сын Притхи, действуя в соответствии с этим знанием, ты освободишься от рабства последствий своей деятельности» (Б.-г., 2.39). Иногда человеку поневоле приходится ограничивать себя в чувственных наслаждениях, например во время болезни, однако подобные ограничения существуют лишь для неразумных людей. Не зная истинного метода обуздания ума и чувств, такие люди иногда пытаются силой прекратить их деятельность, но позже уступают им и тонут в волнах чувственных наслаждений.

Различные ограничения и правила йоги, а также статические позы и дыхательные упражнения, отвлечение чувств от объектов чувств и т.д. предназначены для тех, кто слишком отождествляет себя с телом. Разумный человек, который утвердился в сознании Кришны, не пытается удержать свои чувства от деятельности, а занимает их служением Кришне. Невозможно удержать ребенка от шалостей, принуждая его к бездействию, но, если занять его чем-нибудь полезным и интересным, он оставит свои глупости. Насильственное ограничение деятельности чувств с помощью восьми принципов йоги рекомендуется тем, кто не отличается разумом. А те, кто по-настоящему разумен, посвящают себя возвышенной деятельности в сознании Кришны и естественным образом оставляют низшую, материальную деятельность.

Так Господь Чайтанья раскрывает науку сознания Кришны. Эта наука абсолютна.