В результате Борису в 90-е годы удалось добиться решительного упрочения личной власти. После смерти Дмитрия он лишил тверского княжения Симеона Бекбулатовича, отправив его в село Кушалино, и теперь правил единодержавно. С 1584 г. он на приемах послов стоит у трона (как в 1582 г. А. Ф. Нагой и Б. Я. Бельский), а в 1596 и 1597 гг. держит «царскаго чину яблоко». С 1595 г. рядом с Борисом появляется его сын Федор. С 1586 г. Годунову присылают грамоты правители различных стран, а сам он активно ведет дипломатические переговоры. У него есть собственная канцелярия с дворецким Богданом Ивановым и казначеем Девятым Офонасьевым.

Но при всем этом в деятельности Бориса заложено было противоречие, которое он устранить не мог. Все мероприятия по экономическому оздоровлению землевладения служилого люда не могли привести к сколько-нибудь стабильным результатам, пока не был решен главный вопрос — о рабочей силе вотчин и поместий. Ее в значительной мере составляли холопы-страдники, трудом которых обеспечивалась обработка господской запашки, и крестьяне — главные поставщики натуральных и денежных оброков. Бегство тех и других грозило подорвать самые основы материального благополучия светских феодалов, поэтому чрезвычайные меры по его решительному пресечению становились насущной необходимостью. Составление писцовых книг, начатое в 80-е годы, к 1591/92 г. практически завершилось. Писцовые книги и опыт введения заповедных лет в отдельных районах создали базу для более далеко идущих мер. Законы о холопах и крестьянах 90-х годов преследовали одну цель — пресечение бегства крестьян и холопов и имели между собой много сходных черт.

25 апреля 1597 г. по царскому указу от 1 февраля в Холопий приказ М. И. Внукову и дьяку П. Кокошкину послана была память:. царь «приговорил со всеми бояры» присылать в Холопий приказ служилые кабалы и другие старые крепости (на людей, живущих за господами, или беглых) и их переписывать в специально заведенные для этой цели книги. Речь шла о проверке прав холоповладельцев на их людей, владение которыми было документально оформлено. При этом юридическое положение старинных видов холопов не изменилось. Записывать холопьи имена и крепости предписывалось «с нынешняго нового уложения бессрочно». Запись в книги следовало произвести в течение одного года. Если же кто-либо из холоповладельцев находился на дальних службах (на Тереке, в Астрахани или Сибири), то срок увеличивался до трех лет. Если же крепости на холопов пропали, но об этом своевременно были сделаны «явки», то в соответствии с мартовским указом 1593 г. надлежало писать новые крепости на холопов взамен утраченных. Предписывалось не принимать иски на тех холопов, которые давали на себя кабалы до 1 июня 1586 г. (хотя они не записаны в Холопьем приказе), после этого указа и которые будут давать на себя кабалы после 1597 г., а находиться они должны в холопстве по кабалам. Дети человека, записанного в холопство, и его жена должны были разделить судьбу их отца и мужа. В случае возникновения споров между холоповладельцами холопа надлежало отдать тому его господину, который предъявит более старую кабалу. В памяти указывалось, что делами о полных и докладных кабалах ведает постельничий и наместник трети Московской И. О. Безобразов или его преемники. Если бывшие прежде кабальными холопами люди захотят дать на себя полные и докладные грамоты, а затем откажутся это сделать, то их следует отдать прежним законным государям по служилым кабалам.