Поток крестьян, холопов и ремесленников, спасавшихся от голода, гнета и вымирания, хлынул не только в Поволжье, но и на юг и в Сибирь. На южных окраинах страны построены были выдвинувшиеся в степь Воронеж, Ливны, Елец, Кромы, Курск, Белгород и Оскол. Эти города-крепости не только преграждали путь вторжению крымских войск в глубь страны, но и содействовали хозяйственному освоению необжитых земель. После разгрома Кондинского и Пелымского княжеств, подготовленного первыми успехами русских в Сибири (в 1585/86 г. возникла Тюмень, а в 1587 г. — Тобольск), началось планомерное продвижение в сибирские просторы и закрепление новой территории путем испытанной политики возведения городов-крепостей. Строительство Нарыма, Березова, Пелыма, Сургута, Тары, Обдорска и, наконец, Верхотурья — наиболее примечательные страницы истории освоения Сибири этого периода.

Одновременно с созданием новых городов велось большое строительство в старых. Сооружены были каменные крепости в Астрахани, Казани, Смоленске, Белый и Земляной город в Москве. Приказ Каменных дел (на основе предшествующего опыта градостроения) и штат «записных каменщиков» обеспечивали это невиданное в истории России строительство. Политика покровительства посадскому населению и вывод закладчиков из белых слобод получили в дальнейшем развитие и были закреплены в Соборном уложении 1649 г.

Правительство Годунова, поддерживая требования торгово-ремесленного люда, в первую очередь заботилось об удовлетворении насущных нужд дворянства. Этой цели служило и уложение об отмене тарханов 1584 г., и закон об обелении господской запашки феодалов начала 90-х годов. Ставился решительный предел росту землевладения духовных корпораций. Намечалось оздоровление хозяйства военно-служилых землевладельцев. Целая серия мероприятий должна была покончить с обезлюдием центра страны. В первую очередь это перепись земель, система заповедных лет и указ 1597 г. о пятилетнем сроке сыска беглых крестьян. Законодательство о холопах имело целью закрепить за служилыми людьми наличный контингент их челяди. Политика правительства к 90-м годам дала несомненно позитивные результаты — появились первые признаки экономического подъема страны.

Вся эта большая программа внешне- и внутриполитических мероприятий могла быть осуществлена только при наличии слаженного, хорошо действующего государственного аппарата. Борису Годунову удалось привлечь к правительственной деятельности многих выдающихся администраторов. Среди них были дьяки Андрей и Василий Щелкаловы, Дружина Петелин, Елизарий Вылузгин и др. Достигнута была стабилизация личного состава приказов и Дворца и устранено дублирование деятельности государственных учреждений путем ликвидации дворцовых приказов. Хотя сила аристократических традиций не позволила Борису полностью овладеть цитаделью феодальной знати — Боярской думой, но при формировании ее личного состава родовой принцип постепенно уступал место семейно-корпоративному. Это проявилось в том, что Дума становилась органом власти нескольких семей (Годуновых, Шуйских, Романовых и их родичей). Близость к правителю только начинала играть решающую роль при назначении в Думу, поэтому именно Дума была очагом противостояния Борису.

Успеху правительственных начинаний в большой мере способствовало то, что управление страной находилось в руках дальновидного и волевого государственного деятеля. Лицемерный и жестокий, когда это вызывалось государственной необходимостью, Годунов мог быть также обаятельным и щедрым. Не спеша, но неуклонно шел Борис к полной концентрации власти в своих руках, завершившейся его восшествием на трон. Он отлично разбирался в тех задачах, которые встали перед страной после того, как Иван Грозный оставил ее в состоянии почти полного разорения. Не торопясь с преобразованиями и во многом продолжая традиции конца предшествующего царствования (создававшиеся при его участии), Годунов основное внимание уделял поискам путей оздоровления экономики и укрепления внешнеполитических позиций страны.