Слухи подтолкнули на Кремлевскую площадь даже неустойчивых, не верящих в успех восстания. Впрочем, сопротивления почти не было. Привилегированный полк царской охраны влился в ряды пестрых стрельцов (голубые кафтаны с желтыми патронташами и сапогами, коричневые с красным одежды) и традиционно черных солдат в тяжелых кирасах и шлемах. Стремянной полк открыл ворота Кремля. Несколько ружейных залпов снесли с Ивановской площади боярских и дворянских вооруженных холопов.

Выстроившиеся перед дворцом восставшие потребовали выдать им строго по составленному и тщательно обсужденному в «кругах» списку 40 «изменников»: издевавшихся над народом правителей, главных заговорщиков, отнявших власть у царевича Ивана и подозреваемых в отравлении царя Федора. Выведенных напоказ маленького царя Петра и царевича Ивана восставшие проигнорировали, патриарха и видных государственных мужей не стали слушать: «Не требуем никаких ни от кого советов!» С Петром на всю жизнь остался ужас, пережитый, когда восставшие выбрасывали из дворца на копья и «рубили в мелочь» его родственников и царедворцев. Животный страх слился с ненавистью, впитанной с малолетства, когда мать и родичи царевича, предприняв неудавшуюся попытку захвата власти после смерти царя Алексея, в завистливой злобе прозябали на задворках пышного двора царя Федора Алексеевича.

Богомольный 16-летний царевич Иван был повергнут в оцепенение происходящим на глазах душегубством и окончательно отказался от занятий делами мирскими. Во всполошенной восставшими царской семье было множество царевен — теток и сестер Ивана и Петра — в том числе знаменитая советница царя Федора, строительница и меценатка Татьяна Михайловна. Царевны вместе с царицей Наталией Кирилловной прятали преследуемых от разъяренных стрельцов, воспользовавшись даже покоями юной вдовы Федора царицы Марфы Матвеевны Апраксиной. Но активно вмешаться в события они оказались неспособны.

Подавляющее большинство государственных деятелей и царедворцев, застигнутых во время ежедневного утреннего собрания во дворце, даже не отдавало себе отчета в том, что они не подвергаются непосредственной опасности, поскольку восставшие ищут именно объявленных «изменников». Правда, трудно было спокойно созерцать расправы, тем более что стрельцы убили кое-кого по ошибке, обознавшись. Гибель князя Михаила Долгорукова, а затем его отца князя Юрия Алексеевича с несколькими военными, не столько помешавшими, сколько разозлившими стрельцов сопротивлением и угрозами, усилила панику. Правящая верхушка была деморализована.

Хотя уже 17 мая восставшие, пытками добившись признания «виновных» в отравлении царя Федора и завершив казни, объявили о воцарении в столице спокойствия (и даже помиловали оставшихся в живых «изменников»), большинство бояр, окольничих, думных дворян и дьяков разбежалось по своим вотчинам, забившись «аки подземные кроты» в дальние деревни. Лишь немногие из родовой знати — часть Одоевских, И. М. Милославский, В. В. Голицын, Хованские, М. П. Головин и др. — сочли недостойным бросить царскую семью в руках восставших.

18 мая оставшиеся в Москве вельможи образовали новое правительство вместо истребленного и разогнанного. Сложность состояла в том, что для жителей столицы, восставших против попытки «верхов» «царством владети паче прежнего, и людьми мять, и оби-дети бедных, и продавать», новые власти не являлись авторитетом. Но юный Петр и Иван, царицы и царевны оказались не беззащитны. Из их перепуганной толпы выступила царевна Софья Алексеевна, обладавшая незаурядным умом, отмеченным еще знаменитым просветителем Симеоном Полоцким, у которого она осваивала курс «свободных наук» вместе с будущим царем Федором Алексеевичем.