Бибиков, отличавшийся общими для всех воевод пороками, от такой милосердной политики пострадал — был убит аборигенами со всем отрядом русских людей. Оставшиеся в живых товарищи его были царским указом казнены за «тунгусам обиды и налоги великие». Эта история не остановила Федора Алексеевича, и после донесений о волнениях тунгусов от енисейского воеводы государь указал расспросить переселенных казаками инородцев: «по своей ли они воле в то зимовье пошли или их взяли казаки поневоле, и для чего, и какой тесноты им те казаки не чинили ль? И где они хотят жить?.. И где они жить захотят, и им тут жить и велеть, а ясак платить равный прежнему». На этот раз, правда, помимо казаков казнить было велено и двух тунгусов-убийц.[173]

Памятуя о восстании башкир при Алексее Михайловиче, царь Федор 17 апреля 1678 г. подтвердил запрещение русским вступаться в их земли в Уфимском уезде.[174] В благодарность за трогательную заботу об инородцах государь получил сообщение, что башкиры подбивают татар воевать против русских. 15 декабря 1678 г. они «говорили, что твой, великого государя, город Чигирин турецкие и крымские люди взяли и твоих государевых людей побили, а они дескать потому и будут воевать, что у них одна родня и душа: турецкие и крымские там станут биться, а они, башкиры и татары — станут здесь биться и воевать».[175]

Уже 10 ноября 1678 г. Федор Алексеевич вынужден был издать указ об укреплении вооруженных сил в Сибири (на основе исторической справки о мерах правительства по защите мирного населения с 1668 г.). 3 декабря он уточнил указ в связи с вестями о готовящихся нападениях на Красноярск, Енисейск и Даурские остроги. 3 февраля 1679 г. появилась царская грамота в Тобольск об утеснениях русских и ясачных татар от калмыков, 4-го — в Якутск о столкновениях с тунгусами, затем распоряжения об обороне потребовались во множестве: в указах упоминаются ханты, самоеды, коряки и т. п.

Наиболее опасной была выявившаяся в феврале подготовка похода калмыков и киргизов, «со многими немирных земель иноземцами», на Красноярский, Кузнецкий и Томский уезды. Кроме того, 11 марта государь предупреждал чердынского воеводу о набеге татар и башкир на Кунгур и Сибирские уезды, а 10 июня — о набеге татар и башкир на Пермь Великую.[176] Впрочем, русские воеводы и поселенцы не дожидались особых распоряжений по защите своих жизней и жилищ: немногие особо крупные отряды кочевников имели успех, но к осени и об их судьбе поступили в Москву утешительные известия.

Киргизский князь Шанда с союзниками был разбит и обезглавлен под Томском, успев сжечь Ачинский острог и несколько деревень. Калмыки и тувинцы с сообщниками разных племен уничтожили 16 русских деревень и множество татарских селений, осадили Красноярск и четырежды приступали к городу, прежде чем были отбиты воеводой Загряжским и затем потоплены в Енисее атаманом Родионом Кольцовым. Успокоившись, царь послал суровый выговор красноярцам, которые, не вынеся вида безнаказанно свирепствующих вокруг города тувинцев, вывели на стены и расстреляли их аманатов (заложников). Воевода же Даниил Загряжский, не удержавший своевольных красноярцев от сего поступка (ибо готовился к вылазке, чтобы изрубить злодеев), был царским указом посажен в тюрьму.

В мерах к бунтовщикам государь ограничился тем, что, милостиво приняв в Москве послов сибирского калмыцкого хана Бошохты и мирных тайшей, велел впредь восточных инородцев к Москве не пускать, наложил на ряд племен экономические санкции и постарался ограничить поступление к ним современного оружия (а то кочевники располагали даже винтовками, которые в значительном числе поступили на вооружение русской регулярной армии только при канцлере В.