В соответствии с новым положением Генштаб включал шесть управлений (Оперативное, Разведывательное, устройства оперативного тыла, строительства укрепленных районов, Военно-топографическое и Шифровальное), три отдела (военно-исторический, общий, кадров) и группу офицеров Генштаба на правах отдела Генштаба. Ведущим органом Генштаба по-прежнему являлось Оперативное управление. Развертывание на каждом из стратегических направлений по нескольку фронтов потребовало выделение на каждый фронт специальной группы операторов во главе с опытным начальником. В этой связи система отделов по направлениям (Северо-Западное, Западное и Юго-Западное) перестала отвечать своему назначению. Поэтому они были упразднены и созданы направления на каждый фронт (группу фронтов) в составе начальника направления, его заместителя и 5–10 офицеров-операторов. В ноябре 1941 г. под руководством Василевского была разработана специальная инструкция для начальников направлений Оперативного управления. Наряду с этим в Оперативном управлении по-прежнему оставались специальные отделы (авиации, противовоздушной обороны, связи) и, кроме того, были созданы новые отделы — оперативных перевозок, оргучетный и резервов.

В целях обеспечения эффективной деятельности отделов, управлений и в целом Генштаба был определен порядок его круглосуточной работы. Об этом Сталину докладывал еще Жуков в бытность его начальником Генштаба. Распорядок дня Генштаба, привязанный к регламенту Верховного Главнокомандующего, был определен приказами № 0095 и № 006 955 за подписью начальника Оперативного управления генерала Василевского. Этот распорядок был одобрен Сталиным и никогда не нарушался.

Ставке ВГК (Сталину) доклады об оперативно-стратегической обстановке, отданных за ночь распоряжениях войскам фронтов, просьбах командующих представлялись три раза в сутки: с 10.00 до 11.00 и с 15.00 до 16.00 — заместитель начальника Генштаба (чаще всего начальник Оперативного управления), а с 21.00 до 3.00 — начальник Генштаба. К этому времени готовились карта стратегической обстановки (масштаб 1: 2 500 000) на 3–5 суток, карта оперативной обстановки (масштаб 1: 200 000) каждого фронта на 2–3 суток, причем положение своих войск отображалось до дивизии включительно (а иногда до полка), боевые донесения каждого фронта. С этими документами начальник Генштаба следовал в Кремль для доклада Сталину. Кроме этого, распорядком дня предусматривались следующие вопросы: сообщения в Ставку ВГК — 4.00 и 16.00; начало рабочего дня — 7.00; подпись и доклад оперативной сводки — 8.00 и 20.00; сообщения в Совинформбюро — 8.30 и 20.30; оперативное ориентирование — 22.00–23.00; боевое донесение в Ставку — 23.00.

В распорядке дня Генштаба определялись продолжительность работы (17–18 часов) и времени отдыха генералов и офицеров (5–6 часов), увязанные с режимом деятельности Ставки ВГК и штабов фронтов. Время, место работы и отдыха начальника Генштаба и его заместителей были определены Сталиным лично. Генералу Василевскому отдых был установлен с 4 до 10 часов утра. Верховный не раз проверял, как выполняется его указание. Иногда он звонил в кабинет начальника Оперативного управления, и если Александр Михайлович отдыхал, то приказывал: «Василевского не будить», а что надо, выяснял у дежурного генерала. Случаи нарушения установленного порядка вызывали крайне серьезные и в высшей степени неприятные для Василевского разговоры. «Разумеется, это не была мелкая опека, — пишет Александр Михайлович, — а вызывавшаяся обстановкой необходимость. Напряженнейшая работа, а порой и неумение организовать свое время, стремление взять на себя выполнение многих обязанностей зачастую заставляли ответственных работников забывать о сне. А это тоже не могло не сказаться на их работоспособности, а значит, и на деле. Иногда, возвратившись около четырех часов утра от Сталина, я, чтобы реализовать принятые в Ставке решения, обязан был дать исполнителям или фронтам необходимые указания.