При освящении главной святыни России — Успенского собора — Иван III позволил себе резкое замечание митрополиту Геронтию, который, по его мнению, сделал ошибку и повел крестный ход против солнца. Когда митрополит отказался подчиниться, государь запретил ему освящать вновь построенные церкви столицы. В начавшемся богословском диспуте Ивана III поддержали ростовский архиепископ Вассиан Рыло и архимандрит кремлевского Чудова монастыря Геннадий Гонзов. Эти иерархи не могли привести никаких письменных свидетельств в пользу своей правоты («свидетельство никоего не приношаху») и ссылались лишь на обычай. Митрополит опирался на греческий образец. Его правоту подтвердил игумен, только что совершивший паломничество на Афон в Грецию. «В Святой горе, — сказал он, — видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Возмущенный вмешательством государя в сугубо церковные дела, Геронтий удалился в монастырь. Конфликт приобрел широкую огласку, и Иван III принужден был уступить. Он отправился в монастырь на поклон к Геронтию, а относительно хождения с крестами обещал положиться на волю митрополита.

Среди иерархов, выступавших на стороне Ивана III, выделялся архимандрит Геннадий. Митрополит подверг его наказанию, посадив в ледник. Но монарх вызволил его из заточения, а некоторое время спустя назначил архиепископом Великого Новгорода.

Флорентийская уния имела приверженцев в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии. Самыми влиятельными лицами при дворе Софьи в Москве были униаты братья-греки Юрий и Дмитрий Траханиоты. Софья и ее греческое окружение настойчиво искали опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов стал одним из таких епископов.

На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Заключение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.

В конце XV в. христианский мир жил в ожидании «конца света». Геннадию пришлось вести долгий богословский спор с новгородскими еретиками, скептически относившимися к идее «второго пришествия», которого ортодоксы ждали конкретно в 1492 г. (7000 г.). После расправы с еретиками в 1490 г. Геннадий обратился за разъяснениями к грекам Траханиотам и вскоре же получил от Дмитрия «Послание о летах седьмой тысящи». Ученый грек не разделял «заблуждений» еретиков, но все же тактично предупреждал архиепископа: «Никто не весть числа веку». Представления о конце света были туманными и неопределенными. Многие полагали, что сначала на земле воцарится Антихрист, умножатся беззакония и настанет «тьма в человецех», и лишь после этого надо ждать второго пришествия Христа. Существовали различные системы летоисчисления, а потому называли различные даты конца света. Наибольшие страхи вызывал 7000 г. от сотворения мира. Пасхальные таблицы, которыми пользовались на Руси, были доведены лишь до 1492 г. (7000 г.).

Когда до ожидаемого конца света оставались считанные годы, массу верующих охватила экзальтация: «ино о том молва была в людех не токмо простых, но и непростых многых сумнение бысть».

В 1489–1491 гг. на Русь был приглашен ученый медик из Любека Никола Булев. Булев должен был помочь московитам в составлении новых Пасхалий. Иван III оценил его познания и сделал своим придворным врачом. Правоверный католик Булев отстаивал идею церковной унии и выступал рьяным противником ереси. Находясь на службе у Геннадия, доктор перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудейской веры.

Благодаря посредничеству Ю. Траханиота Геннадий вступил в контакт с имперским послом, прибывшим на Русь в 1490 году, и получил от него подробную информацию о преследованиях тайных иудеев в Испании.