Известный дерптский проповедник Иоганн Веттерман учился в Виттенбергском университете в Германии в бытность там Лютера и Меланхтона. Его слава как богослова была столь велика, что Иван велел дать ему для просмотра некоторые древние книги из семейной библиотеки. По личному разрешению царя Веттерман свободно разъезжал по русским городам, где жили немцы, и учил их «люторской ереси».

Когда Грозный узнал о Варфоломеевской ночи в Париже, он осудил преступление католического короля и выразил сожаление по поводу убитых гугенотов. Судя по тому, что число жертв короля было немыслимо преувеличено, информацию о резне московский двор получил от протестантов.

Иван IV, не стесняясь, использовал сугубо опричные меры, чтобы оградить лютеран, живших в земщине, от преследований со стороны церковных властей. Когда митрополит насильно заставил немца-лютеранина принять православие, Грозный примерно наказал иерарха. Слухи об этом проникли в протестантскую Германию. Толковали, будто митрополит должен был заплатить штраф в 60 000 рублей.

Иван IV не только защищал еретиков, но и приблизил к себе некоторых из них. Он зачислил на опричную службу и сделал своими советниками ливонских дворян Таубе и Крузе, Эберфельда и Кальпа.

Особым влиянием в опричнине пользовался доктор права из Петерсхагена Каспар Эберфельд. Грозный охотно слушал рассказы ученого-правоведа, расспрашивал его об обычаях и нравах его страны. Эберфельд присутствовал на совещаниях царя с Боярской думой. Ходили слухи, что Иван хотел поручить Эберфельду деликатную миссию — сосватать в Германии невесту для наследника престола. Православный люд боязливо взирал на дружбу великого государя с иноземцами. Дьяк Иван Тимофеев с негодованием писал о царе, что «вся внутреняя его в руку варвар быша».

Царь Иван знал о приверженности королевы Елизаветы протестантскому вероучению, но это нисколько не помешало ему затеять сватовство. В конце жизни он завел переговоры с английским двором об устройстве брака с английской «принцессой» Мэри Гастингс. Готовясь к новому браку, самодержец повелел английскому послу, чтобы состоявший в его свите проповедник доктор Коули написал для него, государя, «тезисы англиканской веры». Затем монарх приказал прочесть эти тезисы публично перед многими из своей думы и знати. Подробности царского диспута с представителем англиканской церкви неизвестны. Можно полагать, в новом диспуте государь проявил сдержанность. Косвенным доказательством тому был эпизод с сыном боярским Захарием Болтиным. Будучи приставом у сэра Боуса, Болтин из чрезмерного усердия помянул, что тому было бы неплохо креститься в православие. Узнав об этом, Грозный велел бросить пристава в тюрьму.

Болтин не навязывал англичанину веру и действовал из лучших побуждений. Его арест мог вызвать у придворных и духовенства разве что недоумение и досаду. Но жест Грозного имел в виду не собственных подданных, а английский двор. Паства англиканской церкви, в особенности же будущая невеста царя, получила доказательство, что в России англичане не будут подвергаться притеснениям на религиозной почве.

В середине 70-х годов Грозный разрешил ливонским немцам построить кирху в двух верстах от православной столицы. В то время Немецкая слобода под Москвой процветала. Положение переменилось после того, как ливонский король Магнус перешел на сторону Батория и проект создания в границах России вассального протестантского королевства рухнул, а самые видные из служилых немцев — Фаренсбах, Таубе и Крузе — изменили царю.

В условиях тяжелого военного поражения и подозрений насчет новой измены — «шатости в людях» — Грозный не мог более игнорировать требования церковного руководства. В конце Ливонской войны Немецкая слобода подверглась погрому. Некий купец Бохиус из Любека, нечаянный свидетель происшедшего, сообщает, что санкции против немцев были проведены по указке митрополита и духовенства.