В середине мая 1586 г. монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видно, монастырские слуги в дни осады охраняли кремлевские стены вместе со стрельцами.

Летописи позволяют заключить, что внезапно вспыхнувшее возмущение застало правителей врасплох. Народ — «московских людей множество» — ворвался в Кремль и запрудил площадь перед Грановитой палатой. Толпа требовала выдачи Бориса. Москвичи, повествует летописец, хотели побить камнями «без милости» всех Годуновых разом. Борис бессилен был защитить себя и своих близких.

Но разбушевавшаяся народная стихия ошеломила власть имущих. Бояре старались любой ценой успокоить чернь и удалить ее из Кремля. Ради достижения этой цели им пришлось помириться между собой. Роль мировых посредников взяли на себя прославленный воевода Иван Шуйский и митрополит Дионисий.

От имени всех бояр регент Иван Шуйский заверил народ в том, что «им на Бориса нет гнева», что они «помирилися и впредь враждовать не хотят меж себя».

Шуйские имели возможность расправиться с Годуновыми, натравив на них толпу. Поведение народа не оставляет в том сомнения. Двое «торговых мужиков» — вожаки толпы — в запальчивости начали было спорить с боярином. «Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть да и нам погинуть».

Но Шуйским были чужды методы опричнины. Прибегать к незаконным мерам такого рода было не в правилах регента.

Момент был упущен, и настроение толпы переменилось. Как только народ покинул Кремль, бояре немедленно затворили все ворота, расставили стрельцов на стенах и окружили многочисленной стражей Государев двор. Началось известное по дипломатическим документам «сидение» в Кремле в осаде.

Люди Бориса позаботились о том, чтобы с наступлением ночи захватить двух купцов-смутьянов, перечивших Шуйскому. Они были немедленно сосланы «безвестно, неведомо куды».

Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Борис все больше утверждался в намерении искать спасения за рубежом. Лагерь его сторонников таял на глазах.

Знать спешила использовать ничем не прикрытое поражение Бориса, чтобы окончательно избавиться от него.

Шуйские инспирировали новое выступление земщины против Годуновых. Как русские, так и иностранные источники совершенно различного происхождения одинаково свидетельствуют о том, что оппозиция пыталась принудить царя к разводу и тем нанести смертельный удар влиянию Бориса.

Согласно летописи, митрополит, большие бояре, столичные гости просили Федора «вся земля царские державы своея пожаловати, прияти бы ему второй брак, а царицу первого брака Ирину Федоровну пожаловати отпустить во иноческий чин и брак учинити ему царьскаго ради чадородия».

Боярская дума, записал шведский агент Петр Петрей, имела обычай разводить великих князей с бездетными женами. Московские власти и простой народ намеревались отправить в монастырь великую княгиню. Но Борис расстроил эти замыслы.

Осведомленный московский дьяк Иван Тимофеев подтверждает шведскую версию. В обычных для него витиеватых выражениях он повествует о том, что Борис насильственно постригал в монастырь девиц — дочерей первых после царя бояр, «яко да не понудится некими царь приняти едину от них второбрачием в жену неплодства ради сестры его» (сестры Бориса Годунова — царицы Ирины).

Главные бояре созвали «совет», который выразил мнение «всей земли».