Андрей провел в тюрьме еще пять лет. Лишь после смерти Елены Глинской правитель Василий Шуйский добился освобождения Андрея из заточения.

Благодаря опекунам братья Иван Плетень и Андрей Михайловичи Шуйские получили боярские чины.

Шуйские правили государством пять лет. После смерти последнего опекуна, князя Ивана Васильевича Шуйского, к власти пришли представители старшей ветви княжеского дома — князь Андрей Михайлович Шуйский с братом.

Длительное пребывание в тюрьме давало о себе знать. Андрею недоставало политического опыта, расчетливости и осторожности. Его преследовали неудачи.

Когда юный великий князь стал оказывать милость боярину Федору Воронцову, Андрей Шуйский поспешил изгнать его из столицы. Князь и его советники «взволновашася между собою перед великим князем и митрополитом» и набросились на Федора в дворцовых хоромах: «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити».

Вслед за тем Воронцова стащили «с великого князя сеней с великим срамом, биюще и пхаище, на площадь», после чего бросили в тюрьму. Шуйские и их пособники Головины не проявили уважения даже к митрополиту: «в кою пору от государя митрополит ходил к Шюйским, и в ту пору Фома Петров сын Головина на манатью наступал и манатью на митрополите подрал».

Члены думы имели право на боярский суд. Попытка устранения Воронцова без всякого суда вызвала недовольство у знати. Противники Андрея — новые «ласкатели» (фавориты) — опрометчиво вмешали несовершеннолетнего государя в свои распри. По приказу Ивана IV псари убили Андрея возле дворца напротив Курятных ворот.

Убитый лежал наг в воротах два часа. Приверженцы князя Андрея князья Федор Скопин-Шуйский и Юрий Темкин-Ростовский попали в тюрьму.

Андрей Шуйский был первым боярином, убитым по приказу Ивана IV. В то время великому князю Ивану исполнилось 13 лет. «От тех мест, — записал летописец, — начали боляре от государя страх имети и послушание».

Достигнув совершеннолетия, Иван IV принял царский титул. Но этот акт мало что изменил в его взаимоотношениях с думой. Годы реформ стали для него годами ученичества. Государь всецело подчинился авторитету учителей и наставников Адашева и Сильвестра, действовавших в полном согласии с Боярской думой. Преобразования не могли быть проведены без личного участия Ивана IV и санкции со стороны руководства думы.

В пору реформ князья Суздальские не пользовались исключительной властью, но их позиции в думе были на редкость прочными.

Законные опекуны братья Шуйские сошли со сцены, уступив место крамольным Шуйским. Брат казненного князя Андрея Михаил стал главой Боярской думы. Он занял первую строку в думном списке Дворовой тетради 1552 г. (будущий царь Василий доводился Михаилу внучатым племянником). Ниже князя Ивана в списке членов думы был записан удельный князь Иван Федорович Мстиславский.

Возвышение бояр Романовых-Захарьиных, родни царицы Анастасии, и династический кризис 1553 г. осложнили карьеру Ивана Михайловича Шуйского. 22-летний государь тяжко занемог. Его кончины ждали со дня на день.

Захарьины спешили с принятием присяги младенцу — наследнику царевичу Дмитрию. Проведение церемонии присяги они поручили своим сторонникам — князю Владимиру Воротынскому и дьяку Висковатому. Церемония была омрачена с первых минут. Старший боярин думы Иван Михайлович Шуйский заявил формальный протест: «Им (боярам) не перед царем целовати крест (приносить присягу) не мочно: перед кем им целовати, коли государя тут нет?»

Подлинный смысл протеста заключался в следующем. Руководить присягой мог либо сам государь (но он был при смерти), либо старший боярин думы (Шуйский). Вместо этого дело было поручено Воротынскому. Бояре не скрывали своего раздражения. Подойдя к кресту, князь Иван Пронский попрекнул Воротынского отцом, которого умертвили в тюрьме за измену.