Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались с тех пор, как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий занял Москву.

Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич… Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских «Сказаниях» дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного в Москве человека, Костю Лекаря, и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев. Шуйский якобы сам наказал Коню: «Поведайте тайно в мире с разсуждением, чтобы християне… еретика познали». Федор Конь и Костя Лекарь поведали «про еретика без рассуду многим людям», после чего о крамоле узнал Петр Басманов.

Получив донос, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. Приставами (тюремщиками) Шуйских были назначены бояре Басманов и Салтыков. При Борисе Годунове Михаил Глебович Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю.

Но главными инициаторами розыска были, по-видимому, Богдан Яковлевич Бельский и Петр Федорович Басманов.

Шуйским было предъявлено обвинение в государственной измене. Официальная версия дела заключала в себе много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину князя Василия. Боярина обвиняли то ли в распространении слухов, порочивших государя, то ли в организации форменного заговора с участием многих тысяч лиц.

В письме из Москвы от 4 июля 1605 г. иезуит А. Лавицкий сообщал, что Шуйского осудили за то, что он называл «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков. Один из секретарей самозванца, поляк С. Слонский, рассказывал, что именно он передал государю донос купца, подслушавшего, как Шуйский называл царя Растригой и изменником. Яков Маржарет, телохранитель Лжедмитрия, писал, что Шуйского обвинили в «преступлении оскорбления величества».

Другую версию изложили командиры польского наемного войска С. Борша и Я. Вислоух, находившиеся в Москве во время суда над Шуйскими. В июле 1605 г. Я. Вислоух сообщил в письме к брату, что в Москве открылась измена: Шуйские начали убеждать народ, что «Дмитрий» — не истинный царь, а польский королевич, который хочет православную веру разрушить, а лютеранскую ввести; заговорщики хотели истребить поляков и уговорили для этого 10 тысяч детей боярских; поляков должны были сжечь с дворами (трактирами) и перебить, но поляки узнали об этом и известили царя. Ротмистр С. Борша воспроизвел ту же версию, но в более кратком варианте. По его словам, Шуйские разработали план переворота, в котором должен был участвовать народ, — они задумали «ночью зажечь Москву и учинить над царем и над нами (польскими солдатами. — P.C.) предательство».

Опираясь на преданные «вору» казачьи и польские отряды, П. Ф. Басманов арестовал множество лиц, которых подозревали в заговоре с Шуйскими. Розыск проводился с применением изощренных пыток.