В наказах, адресованных королевскому двору, дьяки Посольского приказа живо описали делопроизводство Канцелярии: «Листы глентовные посылал вор Розстрига, а писаны по латыне, писали у него ваши же поляки; и государственные печати, все побрав, тот вор ис приказу, где они бывают, к себе, и писал и печатал, и делал все с поляки, как хотел». Как видно, польские секретари свободно распоряжались государственными печатями, подменяя печатника и приказных дьяков.

Канцелярия служила местом, где обсуждались и незначительные вопросы, и дела первостепенной государственной важности. К числу таковых относился вопрос о свержении Сигизмунда III и передаче польского трона Лжедмитрию.

Канцелярия использовала всевозможные рычаги власти. Шведский агент в Москве Петр Петрей отметил, что московиты негодовали на Лжедмитрия за то, что «он не пускает к себе ни одного русского, высокого или низкого звания, без воли и согласия поляков, которые скоро заберут себе все что ни есть в казне, и она вскоре совсем опустеет». Без ведома секретарей невозможно было получить аудиенцию у государя, и это было немаловажное обстоятельство.

Коронация Лжедмитрия не могла быть осуществлена без согласия Боярской думы. Это согласие было связано с рядом условий. Одним из этих условий был роспуск повстанческих сил и отправка на родину польских наемных отрядов. Бояре стремились к тому, чтобы как можно скорее вернуться к традиционным методам управления страной.

Выполнение требований думы привело к тому, что влияние польской «Канцрерии» — Ближней канцелярии пошло на убыль. Это обстоятельство немедленно сказалось на судьбе опальных бояр Шуйских. Они пробыли в ссылке недолго и были возвращены в столицу.

В Москве много говорили о том, что прощения Шуйских добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, братья Бучинские и другие поляки.

Нагие действительно просили царя о прощении князя Василия. Зато позиция советников польской Канцелярии была прямо противоположной.

Накануне опричнины царь Иван велел включить в летопись свои речи к думе, записанные им по памяти. Тяжелобольной государь будто бы обратился к верным людям с такими словами: «…чего испужалися? али чаете бояре вас пощадят? вы от бояр первыя мертвецы будете!., не дайте боярам сына моего извести».

Страх перед боярской крамолой обуревал также и мнимого сына Грозного. Сохранилось тайное письмо главы Канцелярии Яна Бучинского к царю. Советник напомнил самодержцу недавний разговор: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего Богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося».

Будучи личным другом самозванца, Бучинский объяснялся с полной откровенностью. Он решительно противился освобождению Шуйских по той причине, что «от них будет страх» и непобедимому императору, и его польским товарищам.

Полагают, что Лжедмитрий провел реформу управления, преобразовав Боярскую думу в «сенат». В доказательство ссылаются на список «сената», написанный рукой Бучинского весной 1606 г. В подлинном польском тексте дума названа «Радой», а ее члены — не сенаторами, а боярами. И лишь на обороте документа имеется помета: «Роспись московским сенаторам».

Реформа думы свелась к учреждению по польскому образцу новой должности — «мечника великого». Этот чин был пожалован юному князю Михаилу Скопину.

Число бояр увеличилось вдвое, и можно было бы ожидать, что увеличится также число приказных. В правление Бориса Годунова в Боярскую думу, по свидетельству английского посла Джильса Флетчера, входили канцлер Андрей Щелкалов и четверо думных дьяков. В 1606 г. польские советники включили в список двух «секретарей великих».