Бояре стремились использовать междуцарствие для того, чтобы расширить свои земельные владения. Боярское правление как нельзя лучше отвечало их стремлениям. Князья вспомнили о давно утраченных удельных столицах. После избрания царя, записал в дневнике поляк Станислав Немоевский, члены думы никак не могли прийти к соглашению: «Из знатнейших каждый желал государствовать; самым последним в свою очередь хотелось быть участниками царских доходов, почему склонялись к той мысли, чтобы царство было разделено на разные княжества».

Борис Годунов пользовался полной поддержкой церковного руководства, что помогло ему занять трон. У Василия Шуйского взаимоотношения с высшим духовенством не ладились с первых дней.

Приверженец Шуйского крутицкий митрополит Пафнутий рассчитывал разделить с новым царем плоды его успеха. Но когда дума и Священный собор начали совещаться насчет избрания патриарха, партии Шуйских не удалось сделать патриархом Пафнутия. В конце концов решено было возвести на патриарший престол Филарета Романова.

Почему при выборе патриарха дума и духовенство отдали предпочтение иерарху, получившему сан митрополита из рук Лжедмитрия? Очевидно, в думе оставалось слишком много людей, всецело обязанных Отрепьеву карьерой. Они боялись за свое будущее и избегали крутых перемен.

Матерью Филарета Романова была княжна Е. А. Горбатая-Шуйская. Как некогда Борис Годунов после своего избрания, так и Василий Шуйский одинаково пытались привлечь на свою сторону род Романовых. Но ни тому, ни другому это не удалось.

Следствие о волнениях в Москве дало Шуйскому повод отменить решение об избрании на патриаршество Филарета Романова. По словам современников, Филарета обвинили в том, что он был причастен к составлению «подметных» писем о спасении «Дмитрия», «за что его (патриарха. — P.C.) и сложили». После смерти Лжедмитрия в народе немало толковали, что во главе государства должен встать один из Романовых. Об этом упоминает немецкое донесение из Нарвы от 27 мая 1606 г. Шуйский не мог не знать о притязаниях Романовых. Но санкции против Филарета он осуществил после своей коронации. Романов был одним из самых популярных деятелей своего времени.

Заточив в монастырь князя Ивана Хворостинина, бывшего кравчим у самозванца, царь пожаловал этим придворным чином князя Ивана Борисовича Черкасского, племянника Филарета. Следствие об измене привело к внезапной отставке Черкасского.

После переворота во дворце был найден тайник, в котором Лжедмитрий хранил секретные договоры с Сигизмундом III и с Мнишеком, переписку с папой римским и иезуитами. Бояре тотчас объявили об этой находке народу, хотя они и не сразу разобрались в содержании документов, требовавших перевода.

Тайник был указан Яном Бучинским, попавшим в руки заговорщиков при штурме дворца. В страхе за свою жизнь член Ближней канцелярии готов был подтвердить клевету, которую бояре давно распространяли в городе.

«Дмитрий», заявил он, велел выволочь весь московский наряд (пушки) за посад, чтобы во время стрельбы поляки могли перебить всех бояр и лучших дворян. В грамоте к уездным городам список жертв был расширен: к боярам прибавлены приказные люди, гости и лучшие посадские люди.

Провинция могла поверить чему угодно, но в столице такая откровенная ложь не могла пройти. Истребив бояр, самозванец, по словам Бучинского, намеревался разорить веру и ввести «люторство и латинство» (католичество) разом. Показания Яна Бучинского оправдывали заговорщиков, убивших венчанного царя.

30 мая власти созвали народ на Красной площади.

На Лобное место явились бояре, и в их присутствии дьяки зачитали грамоту с объяснением причин убийства самозванца и изложением официальной версии избрания на трон царя Василия.