Боярская дума отклонила претензии Мнишеков и подвергла отца царицы унизительному допросу. В августе вдова Лжедмитрия со всеми ближними отправилась в изгнание в Ярославль.

Тело самозванца было так обезображено, что узнать его было трудно. По словам очевидца Конрада Буссова, «поляки в первый же день мятежа распространили слух, что убитый не царь Дмитрий».

Агитация поляков имела мало шансов на успех. Население не простило явившимся на царскую свадьбу полякам высокомерия и бесчинств. Во время волнений в Москве, записал секретарь Мнишека в своем Дневнике, народ требовал выдать на расправу поляков, толковавших о спасении «Дмитрия».

Постепенно властям удалось справиться с кризисом.

Как отметил Маржарет, до его отъезда из столицы в июле мятежники из Рязани, Путивля, Чернигова «прислали в Москву просить о прощении, которое получили, извинив себя тем, что их известили, будто император Дмитрий жив».

Царь Василий употребил все силы, чтобы положить конец мятежу в Путивле. Он прислал в город гонца, сына боярского Григория Шилова. Ему поручено было убедить жителей, что новый царь будет жаловать их своим царским жалованьем «свыше прежнего». Путивлю было предложено прислать в столицу «лучших людей человек трех или четырех» для изложения своих нужд. Власти просили жителей Путивля, чтобы они «сумнения себе не держали никоторого» и жили «в покое и тишине». Убитый самозванец, уверяли они, перед смертью сам объявил «всем людем вслух, что он прямой вор Гришка Отрепьев».

Путивль был замирен. Примеру путивлян последовали другие мятежные города.

Противники Шуйского должны были осознать, что успех их затеи зависит от того, смогут ли они представить обществу «Дмитрия», иначе говоря, нового самозванца. Возрождение интриги было неизбежно.

После переворота из столицы бежали Михаил Молчанов и Богдан Сутупов. Власти установили, что в те дни из царских конюшен исчезло несколько лошадей. Прошел слух, что вместе с Молчановым столицу покинул спасшийся «Дмитрий». Яков Маржарет дознался, что лошадей из царской конюшни потребовали «от имени императора Дмитрия». Служитель, Конюшенного приказа, выдавший лошадей, был подвергнут пытке. Видимо, служитель подчинился приказу от имени «спасшегося» царя, за что его как изменника замучили до смерти.

Ян Бучинский сообщил Якову Маржарету, что «один молодой русский вельможа, весьма любимый и жалуемый Дмитрием, который весьма на него походил… совершенно исчез». Речь шла о Молчанове. И Маржарет и Бучинский хорошо знали этого человека. Если Молчанов был хотя бы отдаленно похож на государя, то заговорщикам не надо было тратить время на поиски нового претендента. Кандидат в цари был у них под рукой.

Камердинер Лжедмитрия I Хвалибога сообщил в 1607 г., что побег Молчанова и исчезновение лошадей из царской конюшни породили слух о чудесном спасении «Дмитрия». Толки о том, что «царь» сбежал вместе с Молчановым, записали также голландский купец Исаак Масса и поляк Станислав Немоевский.

Некоторые из современников говорили, будто вместо «царя» был убит его двойник. Называли имя поляка Боровского. Бывшие члены польской Ближней канцелярии и Юрий Мнишек старательно поддерживали слухи о чудесном спасении «царя Дмитрия». Бучинский уверял всех, что у убитого не было знака на левой груди, который он видел собственными глазами, когда мылся с государем в бане.

Центром интриги вновь стал Самбор, где после переворота появился человек, выдававший себя за Дмитрия. Новый самозванец пользовался покровительством хозяйки Самбора — жены Юрия Мнишека.) Кажется невероятным, что пани Мнишек могла действовать на свой страх и риск, предоставляя убежище и помощь человеку, слегка похожему на ее зятя. По-видимому, интрига была санкционирована Юрием Мнишеком и царицей Мариной.