В историю Египта супруг Нефертити вошел как один из самых гуманных правителей. Иногда его изображают слабым, странным, болезненным юношей, одержимым идеями общего равенства, мира и дружбы между людьми и разными народами. Однако именно Аменхатеп IV провел смелую религиозную реформу. Реформа была необходима для создания общей религии для более тесного сплочения обширной Египетской державы, где в каждом городе почитался свой бог, нередко являющийся враждебным по отношению к богу другого города. Такое многобожие мешало объединению египетского народа в единое целое.

Главным богом явился бог солнца Атон. Из белого камня был построен огромный храм Атона. Началось строительство новой столицы Египта — города Ахетатон, что обозначает «Горизонт Атона». Он был заложен в живописной долине между Фивами и Мемфисом. Вдохновительницей новых планов была супруга фараона. Теперь самого фараона называли Эхнатоном, что значит «Угодный Атону», а Нефертити — «Нефер-Нефер-Атон». Это имя переводится очень поэтично и символично — «Прекрасная красотой Атона» или, другими словами, «Ликом подобная солнцу».

Одновременно возводились другие храмы Атона, дворцы, здания официальных учреждений, склады, дома знати, жилища и мастерские. Выбитые в скальном грунте ямы наполняли почвой, а затем в них сажали специально привезенные деревья — ждать, пока они вырастут здесь, было некогда. Словно по волшебству среди скал и песка вырастали сады, плескалась вода в прудах и озерах, поднимались ввысь стены царского дворца, подчиняясь царскому приказу. Здесь жила Нефертити. Иероглифические надписи восхваляют не только красоту царицы, но и ее божественную способность внушать к себе уважение. Нефертити называли «владычицей приятностей», «умиротворяющей небо и землю сладостным голосом и добротой». Сам Эхнатон называл свою жену «усладой своего сердца» и желал ей жить вечно.

Стены царского дворца были украшены росписями: гроздья лотосов и папирусов, вылетающие из водоемов болотные птицы, сцены жизни Эхнатона, Нефертити и их шести дочерей. В египетском искусстве появлялись произведения, живо демонстрирующие чувства царственных супругов. Нефертити с супругом сидят с детьми; Нефертити болтает ногами, взобравшись мужу на колени и придерживая рукой маленькую дочь. На одном из рельефов, обнаруженном в Ахетатоне, запечатлен кульминационный момент этой идиллии — поцелуй Эхнатона и Нефертити. На каждой сцене обязательно присутствует Атон — солнечный диск с многочисленными руками, протягивающими царственной чете символы вечной жизни.

Вместе со своим супругом Нефертити правила Египтом около двадцати лет. От Эхнатона она родила шесть дочерей: Меритатон, то есть «возлюбленная Атоном», Макетатон, Анхесенпаатон, Нефернефруатон-ташерит, Нефернефрура, Сетепенра.

Счастье оборвалось внезапно. На двенадцатом году правления Эхнатона и Нефертити скончалась принцесса Макетатон. На стене усыпальницы, приготовленной в скалах для царской семьи, изображено отчаяние супругов. Вскоре скончалась и царица-мать Тиу. Отсутствие у царицы сына — наследника царского престола, могло сказаться на ухудшении взаимоотношений внутри царской семьи. Основной проблемой царственной четы стало отсутствие сына, который мог бы унаследовать престол. Дочери Нефертити не обеспечивали надежность продолжения династической смены власти. В своем почти маниакальном желании иметь сына Эхнатон вступает в браки даже со своими дочерьми. Судьба посмеялась над ним: старшая дочь, Меритатон родила собственному отцу еще одну дочь — Меритатон-младшую; одна из младших — Анхесенпаатон — еще одну дочь.

Смерть Макетатон, по-видимому, стала переломным моментом в жизни Нефертити. У нее появилась соперница. Конечно, у каждого египетского царя было множество жен, однако разница в статусе между «Великой царской супругой» и дамами из гарема была колоссальна.