Был ли Петр Иванович доволен таким оборотом дел? Молодой политик сумел развернуть игру невыгодным для партии Паниных образом. Это было первое поражение, которое прусская группировка потерпела от Потемкина. Но для Петра Ивановича настоящая борьба только начиналась.

Получив назначение, он не поехал сразу в Казань, поскольку военные действия захватывали уже и Московскую губернию. Панин намеревался превратить старую столицу в свою штаб-квартиру и сосредоточить власть в Москве в своих руках. В этом случае исполнить его далеко идущие политические замыслы было бы куда легче. Но в Первопрестольной оказалось два главнокомандующих — Волконский и Панин. Официально Москва не была вверена власти Петра Ивановича. Он выдвинул на дорогах, идущих к старой столице значительные силы, а когда волны крестьянской войны под ударами регулярной армии стали откатываться все восточнее, у главнокомандующего не оказалось никакого предлога для задержки в Москве. Сначала он руководил операциями из ближнего к старой столице города Шацка, а затем вынужден был последовать за карательными отрядами в Симбирск.

На охваченных мятежом землях Петр Иванович, имея в руках огромную воинскую силу, почувствовал себя полным господином. Обе столицы были далеко, вокруг бушевало кровавое море крестьянской войны, и Панин не стал смущаться в выборе методов для подавления бунтовщиков. Ни при А. И. Бибикове, ни при Ф. Ф. Щербатове, прежних командующих, край не видел ничего подобного от представителя правительственной власти. Террор охватил очищенные от повстанцев земли; для устрашения волнующихся крестьян Панин приказал казнить мятежников прямо на месте поимки, без суда и следствия. Именно тогда вниз по рекам поплыли плоты с колесованными и подвешенными за ребра пугачевцами.

Однако на Волге власти главнокомандующего противодействовал Павел Сергеевич Потемкин, руководитель Казанской следственной комиссией, переживший с населением в казанской крепости страшные дни, когда Пугачев сжег город, а захваченных горожан расстрелял на поле из пушек. Между Паниным и Потемкиным разгорелась настоящая борьба из-за подследственных. Прошедшие через панинский сыск, уже никому не могли ничего рассказать. Звериная жестокость Петра Панина показала себя в приемах допросов в военной канцелярии. Эти вопросы подробно исследованы в недавно опубликованной источниковедческой работе современного историка Р. В. Овчинникова, посвященной материалам следствия и суда над Пугачевым. Число подвергшихся разного рода наказаниям по приговорам Панина составило около двадцати тысяч человек.

Павел Сергеевич писал из Казани Екатерине II и своему брату, жалуясь на действия Панина. Особенно возмутило Потемкина то, что Петр Иванович, захватив секретаря Пугачева мценского купца Трофимова — составителя последних указов мнимого императора Петра III (он действовал под именем А. И. Дубровского), не только не передал его следственной комиссии, обращением во время допросов довел до смерти. Из рук правительства ушел один из главных свидетелей, который, по словам Павла Сергеевича, был «всех умнее». В могиле «тайны нужные вместе с ним погребены», — заключал Потемкин. Почему Петр Иванович сначала долго держал «обер-секретаря» в Царицыне и Саратове, а когда встал вопрос о его передаче, позволил убить на допросе? Что мог рассказать 24-летний грамотный сотрудник Пугачева? Об этом остается только догадываться.

1 октября 1774 г. выданный собственными сообщниками Пугачев был привезен А.