Как и ожидалось, в последние десятилетия правления Константина воинствующие христиане стали пользоваться новой властью, полученной от него, но сначала они делали это весьма осторожно, словно прощупывая возможное сопротивление. При сыновьях Константина они значительно осмелели. За 15 лет, пока император Феодосий находился на троне (379–395), он превзошел всех своих предшественников, издав более 100 новых законов, направленных против гностиков, — законов, лишавших их собственности, свободы, а зачастую и жизни. Согласно этим законам, их дома и места для собраний подлежали конфискации, а книги — уничтожению. Едва ли можно считать совпадением, что именно в этот период кодексы из библиотеки Наг Хаммади были спрятаны в Верхнем Египте в попытке спасти от гибели хотя бы часть знаний, и, хотя исторические хроники являются неполными, мы знаем, что в течение того же периода в Нижнем Египте антиеретический терроризм был развязан с благословения государства.

Матерн Сенегий, наместник императора Феодосия в Александрии с 387 по 388 год, прославился своими неустанными притеснениями и гонениями на еретиков и язычников. В этом великом космополитическом городе, одной из первых цитаделей гностицизма, местный синкретический культ, посвященный богу Серапису (соединявшему черты двух древнеегипетских богов, Осириса и Аписа), издавна пользовался покровительством людей, занимавших разное положение в обществе и с различными религиозными убеждениями. Ученые считают, что христианские гностики могли принимать участие в мистериях Осириса в его воплощении Сераписа, «интерпретируя то, что они наблюдали, с христианских позиций». Стоит упомянуть и о том, что некоторые секты александрийских гностиков пользовались статуями Сераписа — обычно изображаемого в виде бородатого мужчины в греческой хламиде, а не в египетском стиле — как символом Бога Доброты. Такая гибкость и непредвзятость в поиске духовных истин была характерна для Александрии со времени ее основания почти 700 лет назад. Именно поэтому многие горожане, стоявшие на позициях веротерпимости и синкретизма, были потрясены, а потом и возмущены, когда Сенегий начал отдавать войска, которыми он командовал в качестве наместника — предположительно для защиты всех слоев общества, — в распоряжение христианской церкви, которая вела кампанию по отмене других религий.

В 391 году, через три года после смерти Сенегия, гонения под эгидой государства стали еще более суровыми. Феофил, архиепископ Александрии, подстрекал христианские толпы к погромам гностиков и язычников. Повсюду вспыхивали беспорядки, и многие члены гонимых сект нашли убежище в Серапеуме. Этот огромный храм, посвященный Серапису, был построен Птолемеем I Сотером (323–284 г. до н. э.), бывшим полководцем Александра Македонского, основавшим династию, которая правила Египтом до Клеопатры (51–30 г. до н. э.). Беженцы были уверены, что они находятся в безопасности, так как территория храма издавна считалась священной, но они ошибались. По наущению Феофила огромная толпа христиан, включая большое количество монахов, осадила Серапеум и взяла его штурмом. Уникальная библиотека старинных книг и пергаментов, размещавшаяся в приделах вокруг центрального здания, была разграблена и сожжена. Потом при открытой поддержке имперских войск защитники были истреблены, а сам храм разрушен до основания.

Рассмотрев это дело спустя некоторое время, император постановил, что жертвы были виновны в собственной гибели, и не наказал нападавших.