Приблизительно в конце первой декады сентября и в Высшем инженерном училище также проводилась запись в другой особый батальон, который тоже обещали вооружить автоматами и который также должен был находиться в распоряжении Ворошилова.

В те напряженные дни в особые батальоны отбирались лучшие из лучших, готовые выполнять самые трудные задания. Брали только добровольцев.

В середине сентября район Адмиралтейства подвергся артобстрелу. Одним попаданием снаряда были ранены несколько вольнонаемных работников и членов семей военнослужащих, другой снаряд разорвался на крыше западной башни непосредственно близ наблюдательного поста МПВО.

Наблюдатель курсант 1 курса Г.Д. Головченко, раненный осколком, остался на своем посту, не теряя наблюдения за районом, и сообщил на командный пункт о местах поражений. Раненный в ногу преподаватель интендант 3 ранга Панкратьев остался в строю и после перевязки, передвигаясь с помощью палки, продолжал преподавание.

Еще в первые дни войны в Военно-морской медицинской академии также приготовили бомбоубежища и щели.

Когда начались бомбежки города с воздуха, то и здесь резко ухудшились условия для нормального учебного процесса курсантов и появились неоднократные срывы занятий.

При артиллерийских обстрелах города не могло быть и не было никаких тревожных сигналов, предупреждавших население о начале обстрела. Каждый снаряд, выстреленный издалека, прилетал неожиданно как по времени, так и по месту. Когда и где взорвется снаряд — курсантам было неведомо, как и всем остальным. В каждом случае никто не был готов к тому, чтобы заранее укрыться от снаряда. Под снаряды попадали все, кто был в радиусе взрыва.

Из-за разрушения двух жилых зданий курсанты 4 курса академии поселились на Васильевском острове в здании Оптического института. В связи с разрушениями других зданий курсанты 4 курса вынуждены были ежедневно для занятий с Васильевского острова ходить в академию, а курсанты 3 курса — из академии ходить в клиники на Васильевский остров.

Бомбардировки продолжались. Такое положение привело к отрыву до 15 процентов курсантов в качестве крышных наблюдателей, в противопожарные взводы и на усиленную дежурную службу. Условия для академического процесса становились совершенно неблагоприятными. Было принято решение об эвакуации.

Трагедия начинается

Представитель начальника ВМУЗов в Ленинграде капитан 2 ранга Кацадзе Аркадий Варфоломеевич в ночь с 15 на 16 сентября 1941 года разъяснил представителям училищ и Военно-морской медицинской академии, что принято решение на эвакуацию курсантов к местам новой дислокации. По плану, в первой группе должны быть курсанты инженерного и гидрографического училищ и группа офицеров, окончивших академию. Во второй группе — эшелон Высшего военно-морского училища. Отправка эшелонов состоялась 16 сентября с Финляндского вокзала.

Первый эшелон прибыл на станцию Ладожское озеро около 13 часов, причем поезд еще не остановился, когда на станцию был совершен очередной налет самолетов противника, сбросивших ряд бомб, не причинивших повреждений.

Для соблюдения необходимой маскировки местом сосредоточения и ожидания погрузки был выбран прибрежный лес вблизи порта Осиновец. Во второй половине дня, несмотря на пасмурную погоду и моросящий дождь, были еще три налета авиации противника.

Поскольку маскировка зелеными ветками была выполнена хорошо, самолеты противника мест скопления личного состава не обнаружили, и поэтому потерь не было.

О том, что прибыл эшелон курсантов, который надлежит переправить на другой берег, начальники эшелонов капитан-лейтенанты Кижель и Боков и военком эшелона полковой комиссар Макшанчиков доложили капитану 1 ранга Авраамову. Последний заявил, что баржа №752, с которой разгружался стрелковый батальон в полном вооружении с противотанковыми орудиями и конным составом, будет свободна часов в шестнадцать, после чего он даст распоряжение приступить к погрузке.